NBDC Research ID: hum0422.v1

 

研究内容の概要

目的： 子宮体がんは近年増加傾向にあり、予防法や治療法のさらなる開発が求められている。Type I子宮体がんは類内膜がんG1/G2の組織像をとり、エストロゲン依存性に発がんする。一方で、Type II子宮体がんは、閉経後に発症することが多く、エストロゲン非依存性である。近年のゲノム解析の結果から（1）POLE 変異を有する群（ultra-mutated）、（2）microsatellite instability（MSI）群（hypermutated）、（3）copy-number low 群、（4）copy-number high 群の 4 つのサブタイプが提唱されているが、病理組織とゲノム分類の関連の詳細についてはまだ十分に明らかにされていない。子宮体がんの予防法確立や治療法開発を進めるため、子宮体がんにおける発がん形式の特徴や各組織型の病態解明を目指す。

方法： Whole exome sequencing解析、RNA sequencing解析

対象： 子宮体がん89症例（新鮮凍結271検体）

 

データID内容制限公開日
JGAS000753 NGS（Exome、RNA-seq） 制限公開（Type I） 2026/03/24

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分子データ

Exome
対象

子宮体がん（ICD10：C54）：88症例

      腫瘍組織と非腫瘍組織のペア：合計 176検体
規模 Exome
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） Twist Comprehensive Exome Panel Kit
断片化の方法 酵素反応
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 150 bp
マッピング方法 BWA、bowtie2
マッピングクオリティ 中央値 59.57（59.44–59.73）
マッピングの際のリファレンス配列 GRCh38
平均カバー率（Depth） 94.5%（20x）
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000894
総データ量 1.2 TB（bam）
コメント（利用にあたっての制限事項） NBDC policy

 

RNA-seq
対象

子宮体がん（ICD10：C54）：86症例

      腫瘍組織：86検体（うち9検体は非腫瘍組織とのペア）

      非腫瘍組織：9検体
規模 RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） NEBNext® Ultra™ II RNA Library Prep Kit for Illumina
断片化の方法 上記キットに準拠（アルカリ条件下での熱処理）
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000894
総データ量 1.2 TB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項） NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者： 河津 正人

所 属 機 関： 千葉県がんセンター研究所 細胞治療開発研究部

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
公益財団法人 上原記念生命科学財団研究助成金（2022年度） 子宮体癌の免疫回避に関わるゲノム異常の探索 -

 

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タイトルDOIデータID
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間