NBDC Research ID: hum0419.v2

 

研究内容の概要

目的: 消化器がんおよび胸部悪性腫瘍由来オルガノイドを作製し、ゲノム解析情報から有効な抗がん剤・分子標的薬剤を選定し、その抗腫瘍効果を解析することで、個別化医療における薬剤評価系の構築を行う。さらに、正常組織由来オルガノイドに遺伝子改変を加えることで、発癌に関わる分子生物学的機序を明らかにする。

方法: 全エクソームシーケンスおよびRNAシーケンス解析

対象: 肺大細胞神経内分泌がん症例の腫瘍細胞より樹立したオルガノイド、粘液産生能を有する充実型肺腺がん患者より樹立したオルガノイド

 

データID内容制限公開日
JGAS000641 NGS(Exome 制限公開(Type I) 2024/04/24
JGAS000653 NGS(ExomeRNA-seq 制限公開(Type I) 2024/05/08

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分子データ

Exome(JGAS000641)

対象

肺大細胞神経内分泌がん(ICD10:C34.1、C34.3):3症例

    腫瘍細胞3検体より樹立したオルガノイド:3検体

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 腫瘍細胞より樹立したオルガノイドから抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect XT Human All Exon V6 Kit、SureSelect XT Reagents
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 151 bp
マッピング方法 DRAGEN Bio-IT Platform 3.9.5
マッピングクオリティ MAPQ >= 40 のリードが93.51%
マッピングの際のリファレンス配列 hg19
平均カバー率(Depth) 98.21 depth
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000771
総データ量 22.9 GB (bam、bai、vcf、tbi)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Exome(JGAS000653)

対象

粘液産生能を有する充実型肺腺がん(ICD10:C34.1、C34.3):1症例

    腫瘍組織より樹立したオルガノイド:1検体

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 腫瘍組織より樹立したオルガノイドから抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect XT Human All Exon V6 Kit
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 151 bp
マッピング方法 DRAGEN Bio-IT Platform 3.9.5
マッピングクオリティ -
マッピングの際のリファレンス配列 hg19
平均カバー率(Depth) 98.21 depth
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000783
総データ量 8.5 GB (bam、bai)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

RNA-seq(JGAS000653)

対象

粘液産生能を有する充実型肺腺がん(ICD10:C34.1、C34.3):1症例

    腫瘍組織より樹立したオルガノイド:1検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 腫瘍組織より樹立したオルガノイドから抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
断片化の方法 高温条件下での2価陽イオンによる断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 101 bp
マッピング方法 STAR-Fusion v1.9.0
マッピングクオリティ -
マッピングの際のリファレンス配列 hg19
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000783
総データ量 8.5 GB (bam、bai)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 深澤 拓也

所 属 機 関: 川崎医科大学 総合外科

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(C) オルガノイド技術を用いた肺扁平上皮癌の発癌、進展機序の解明 22H03164
科学研究費助成事業 基盤研究(B) オルガノイドを用いた肺大細胞神経内分泌癌の分子病態および発癌メカニズムの解明 19K07699

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Patient-derived tumoroid models of pulmonary large-cell neuroendocrine carcinoma: A promising tool for personalized medicine and developing novel therapeutic strategies doi: 10.1016/j.canlet.2024.216816 JGAD000771
2 Establishment and characterization of novel high mucus-producing lung tumoroids derived from a patient with pulmonary solid adenocarcinoma doi: 10.1007/s13577-024-01060-3 JGAD000783

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間