NBDC Research ID: hum0416.v4
研究内容の概要
目的： 免疫反応が関与する疾病（自己免疫及び難治性免疫疾患や、線維化を伴う疾患、がんなど）について、体内の生体反応や病態をより詳細に把握するため、血液及び組織標本を用いた経時的な変化と推移を追う。これにより、患者毎の多種多様なバックグラウンドや反応個体差に捉われずに、病態推移や薬剤副作用と深く関連するメカニズムや細胞などを見出せると期待する。本研究では、何らかの機能既知の分子に着目した測定や解析から始めるのではなく、網羅的なパラメータの取得によりプロファイリングすることで病態や治療と関連する因子を探索する。その後、見出された分子の変動確認や機能探索などを通じ、病態理解と治療法の開発に繋げる。
方法： single cell CITE-seq（Cellular indexing of transcriptomes and epitopes）、BD Ab-seq、single cell RNA-seq、シングルセル空間トランスクリプトーム
対象： 顕微鏡的多発血管炎（microscopic polyangiitis：MPA）、全身性強皮症（Systemic sclerosis : SSc）、シェーグレン症候群（Sjogren Syndrome：SjS) 、健常者
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| E-GEAD-635 | NGS（CITE-seq） | 非制限公開 | 2023/08/10 |
| DRA019233 | NGS（BD Ab-seq） | 非制限公開 | 2024/09/27 |
| E-GEAD-867 | NGS（BD Ab-seq） | 非制限公開 | 2024/09/27 |
| DRA019274 | NGS（CITE-seq、BD Ab-seq） | 非制限公開 | 2024/10/16 |
| E-GEAD-872 | NGS（CITE-seq、BD Ab-seq） | 非制限公開 | 2024/10/16 |
| DRA020399 | NGS（scRNA-seq） | 非制限公開 | 2025/05/19 |
| E-GEAD-1051 | NGS（scRNA-seq） | 非制限公開 | 2025/05/19 |
| E-GEAD-1057 | シングルセル空間トランスクリプトーム | 非制限公開 | 2025/05/19 |
※リリース情報はこちら
※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。記載例はこちら。
分子データ
| 対象 |
【E-GEAD-635】 顕微鏡的多発血管炎（ICD10：M31.7）：8症例 内、3症例は2時点採取、5症例は1時点採取 健常者：7名 【DRA019274 / E-GEAD-872】 全身性強皮症（ICD10：M34）：21症例 内、1症例は3時点採取 健常者：6名（内、3症例はE-GEAD-635と重複） |
| 規模 | CITE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500、NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血よりPBMCを取得し、単細胞へ分離した上で抽出したmRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Single Cell 5' Reagent Kits v2 |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 91 bp |
| 解析ソフトウェア | CellRanger（version 6.0.6） |
| リファレンス配列 | GRCh38 |
| フィルタリング（QC）方法 | Cell Ranger Metrics |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA019274 |
| Genomic Expression Archive ID | |
| 総データ量 |
E-GEAD-635：311 MB（発現マトリクスデータ、HDF5） DRA019274：1.83 TB（fastq） E-GEAD-872：800 MB（発現マトリクスデータ、HDF5） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
【DRA019233 / E-GEAD-867】 顕微鏡的多発血管炎（ICD10：M31.7）：6症例（内、4症例はE-GEAD-635と重複） 健常者：7名（内、5症例はE-GEAD-635と重複、2症例はDRA019274 / E-GEAD-872と重複） 【DRA019274 / E-GEAD-872】 腎クリーゼ発症全身性強皮症（ICD10：M34）：1症例 |
| 規模 | BD Ab-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | Ab-seq抗体リスト |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500、NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース |
【DRA019233 / E-GEAD-867】 末梢血より白血球を取得し、単細胞へ分離した上で抽出したmRNA 【DRA019274 / E-GEAD-872】 末梢血より取得した全白血球、腎生検検体より取得した全細胞から抽出したmRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | BD Rhapsody WTA Reagent Kit |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| 解析ソフトウェア | BD Rhapsody Sequence Analysis Pipeline（version 1.12） |
| リファレンス配列 | GRCh38 |
| フィルタリング（QC）方法 | Cell Ranger Metrics |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | |
| Genomic Expression Archive ID | |
| 総データ量 |
DRA019233：2 TB（fastq） E-GEAD-867：10 GB（発現マトリクスデータ、txt） DRA019274：218 GB（fastq） E-GEAD-872：800 MB（発現マトリクスデータ、txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
シェーグレン症候群（ICD10：M35.0）：12症例 唾液腺：12検体 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500、NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 唾液腺検体より分離した単細胞から抽出したmRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | BD Rhapsody WTA Reagent Kit |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| 解析方法 | BD Rhapsody Sequence Analysis Pipeline（version 1.12） |
| リファレンス配列 | GRCh38 |
| フィルタリング | Cell Ranger Metrics |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA020399 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-1051 |
| 総データ量 |
DRA020399：2 TB（fastq） E-GEAD-1051：12 GB（発現マトリクスデータ、txt/rds） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
シェーグレン症候群（ICD10：M35.0）：6症例 唾液腺：6検体 |
| 規模 | シングルセル空間トランスクリプトーム |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 対象遺伝子一覧 |
| Platform | Vizgen [MERSCOPE] |
| ソース | 唾液腺検体のFFPEサンプル |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（パネル、キット名、バージョンなど） | MERSCOPE 140 gene panel |
| 解析方法 |
MERSCOPE Vizualizer Seurat ver 5.0 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-1057 |
| 総データ量 | 25 GB（bin） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 北沢 剛久
所 属 機 関： 中外製薬株式会社 研究本部
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Single-cell multi-omics analysis identifies two distinct phenotypes of newly-onset microscopic polyangiitis | doi: 10.1038/s41467-023-41328-0 | E-GEAD-635 |
| 2 | Neutrophil single-cell analysis identifies a type II interferon-related subset for predicting relapse of autoimmune small vessel vasculitis | doi: 10.1038/s41467-025-58550-7 | DRA019233 E-GEAD-867 |
| 3 | Single-cell analysis reveals immune cell abnormalities underlying the clinical heterogeneity of systemic sclerosis | DRA019274 E-GEAD-872 |
|
| 4 | Deciphering the Single-Cell Spatiotemporal Landscape of Tertiary Lymphoid Structures in Primary Sjögren’s Syndrome | DRA020399 E-GEAD-1051 E-GEAD-1057 |
