NBDC Research ID: hum0416.v2

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研究内容の概要

目的: 免疫反応が関与する疾病(自己免疫及び難治性免疫疾患や、線維化を伴う疾患、がんなど)について、体内の生体反応や病態をより詳細に把握するため、血液及び組織標本を用いた経時的な変化と推移を追う。これにより、患者毎の多種多様なバックグラウンドや反応個体差に捉われずに、病態推移や薬剤副作用と深く関連するメカニズムや細胞などを見出せると期待する。本研究では、何らかの機能既知の分子に着目した測定や解析から始めるのではなく、網羅的なパラメータの取得によりプロファイリングすることで病態や治療と関連する因子を探索する。その後、見出された分子の変動確認や機能探索などを通じ、病態理解と治療法の開発に繋げる。

方法: single cell CITE-seq(Cellular indexing of transcriptomes and epitopes)、BD Ab-seq

対象: 顕微鏡的多発血管炎(microscopic polyangiitis:MPA)、健常者

 

データID内容制限公開日
E-GEAD-635 NGS(CITE-seq) 非制限公開 2023/08/10
DRA019233 NGS(BD Ab-seq) 非制限公開 2024/09/27
E-GEAD-867 NGS(BD Ab-seq) 非制限公開 2024/09/27

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※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞(Acknowledgement)に記載して下さい。記載例はこちら

 

分子データ

E-GEAD-635

対象

顕微鏡的多発血管炎(ICD10:M31.7):8症例

     内、3症例は2時点採取、5症例は1時点採取

健常者:7名

規模 CITE-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500、NovaSeq 6000]
ライブラリソース 末梢血よりPBMCを取得し、単細胞へ分離した上で抽出したmRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Chromium Single Cell 5' Reagent Kits v2
断片化の方法 酵素反応
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 91 bp
解析ソフトウェア CellRanger(version 6.0.6)
リファレンス配列 GRCh38
フィルタリング(QC)方法 Cell Ranger Metrics
Genomic Expression Archive ID E-GEAD-635
総データ量 311 MB(発現マトリクスデータ、HDF5)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

DRA019233 / E-GEAD-867

対象

顕微鏡的多発血管炎(ICD10:M31.7):6症例(内、4症例はCITE-seqと重複)

健常者:7名(内、5症例はCITE-seqと重複)

規模 BD Ab-seq
対象領域(Target Captureの場合) Ab-seq抗体リスト
Platform Illumina [HiSeq 2500、NovaSeq 6000]
ライブラリソース 末梢血より白血球を取得し、単細胞へ分離した上で抽出したmRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) BD Rhapsody WTA Reagent Kit
断片化の方法 酵素反応
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
解析ソフトウェア BD Rhapsody Sequence Analysis Pipeline(version 1.12)
リファレンス配列 GRCh38
フィルタリング(QC)方法 Cell Ranger Metrics
DDBJ Sequence Read Archive ID DRA019233
Genomic Expression Archive ID E-GEAD-867
総データ量

DRA019233:2 TB(fastq)

E-GEAD-867:10 GB(発現マトリクスデータ、txt)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 北沢 剛久

所 属 機 関: 中外製薬株式会社 研究本部

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
- - -

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Single-cell multi-omics analysis identifies two distinct phenotypes of newly-onset microscopic polyangiitis doi: 10.1038/s41467-023-41328-0 E-GEAD-635
2 Neutrophil single-cell analysis identifies a uniquely primed subset and provides insights into predicting relapse of autoimmune small vessel vasculitis E-GEAD-867