NBDC Research ID: hum0414.v1
研究内容の概要
目的： ヒト肺がん細胞における変異・欠失・増幅・過メチル化等、体細胞レベルで生じたゲノム異常と遺伝子発現変動を解析し、それらを臨床病理学的情報と対比検討することで肺がんの発生・進展の分子機構及び特性を遺伝子レベルで明らかにすること。
方法： ヒト小気道上皮細胞（SAEC）は、hTERT・CDK4変異体・サイクリンD1の発現により不死化されている。KRAS G12Vを発現するSAEC（Control-ER-KRAS-G12V）を最大35日間2次元培養すると、限定的ではあるが有意な足場非依存性増殖を示す。これらのクローンをピックアップし、複製ストレス耐性細胞と名付けた（RSTC-2、RSTC-5、RSTC-7）。これらの細胞株に対して、全ゲノムシークエンスを実施した。
対象： SAEC、Control-ER-KRAS-G12V、RSTC-2、RSTC-5、RSTC-7（計5株）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| DRA016800 | NGS（WGS） | 非制限公開 | 2023/07/25 |
※リリース情報はこちら
※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。記載例はこちら。
分子データ
| 対象 |
SAECとその派生細胞株：5株 （SAEC、Control-ER-KRAS-G12V、RSTC-2、RSTC-5、RSTC-7） |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 細胞株から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | SAEC（Lonza, Cat# CC-2547） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150bp |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA016800 |
| 総データ量 | 900 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 塩谷 文章
所 属 機 関： 国立がん研究センター研究所
プロジェクト/研究グループ名： ゲノムストレス応答学ユニット
URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genome_stress_signaling/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 国際共同研究加速基金（国際共同研究強化（B）） | ゲノム不安定性を制御するDNA複製ストレス応答機構の解明 | 18KK0235 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | ATRによるDNA複製ストレス抵抗性を介した発がん制御機構の解明 | 18H03378 |
| 国立研究開発法人科学技術振興機構（JST） 戦略的創造研究推進事業（CREST） | イノベーション創発に資する人工知能基盤技術の創出と統合化 | JPMJCR1689 |
| 国立研究開発法人科学技術振興機構（JST） AIPチャレンジPRISM加速支援（AIP-PRISM） | 人工知能技術を活用した革新的ながん創薬システムの開発 | JPMJCR18Y4 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | An ATR-PrimPol pathway confers tolerance to oncogenic KRAS-induced and heterochromatin-associated replication stress. Nature Communications. | doi: 10.1038/s41467-023-40578-2 | DRA016800 |
| 2 |
