NBDC Research ID: hum0413.v1
研究内容の概要
目的： 膨大なデータを蓄積・解析することで、発症予測・予防・治療法の選択など、医療戦略に貢献することを目的とする。アレルギー疾患をモデルとして計算科学分野を中核に、異分野の研究を融合させた新たな研究分野の創成を目指し、知識基盤として疾患ビッグデータ解析技術の開発と疾患メカニズム研究を行う。
方法： RNA-seq解析
対象： アトピー性皮膚炎 161症例（皮膚組織：260検体、末梢血単核細胞［PBMC］：461検体）
健常者 41名（皮膚組織：55検体、PBMC：41検体）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000628 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2023/07/20 |
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分子データ
| 対象 |
アトピー性皮膚炎（ICD10：L20.9）：161症例 皮膚：260検体、PBMC：461検体 健常者：41名 皮膚：55検体、PBMC：41検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 1500/2500] |
| ライブラリソース | 皮膚検体およびPBMC検体から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
皮膚：NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina PBMC：SureSelect Strand-Specific RNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 高温条件下での2価陽イオンによる断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 50 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000757 |
| 総データ量 | 506.3 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者：古関 明彦
所 属 機 関：理化学研究所 生命医科学研究センター 免疫器官形成研究チーム
プロジェクト/研究グループ名：アトピー性皮膚炎患者の網羅的データ解析研究
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED） 免疫アレルギー疾患実用化研究事業 | 臨床・オミクス情報の統合解析による、アトピー性皮膚炎とそれに併発する他臓器アレルギー疾患の病態解明 | JP22ek041007 |
| 国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED） 免疫アレルギー疾患実用化研究事業 | アトピー性皮膚炎の個別化予測医療を目指した皮膚微生物叢解析研究 | JP21ek0410058 |
| 国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED） 免疫アレルギー疾患実用化研究事業 | アトピー性皮膚炎の個別化医療・予測医療実現に向けた、皮膚トランスクリプトーム解析研究 | JP19ek0410046 |
| 国立研究開発法人日本医療研究開発機構（AMED） 免疫アレルギー疾患実用化研究事業 | 皮膚・腸内微生物叢解析によるアトピー性皮膚炎発症機序の解明 | JP18ek0410028 |
| 科学技術振興機構（JST） イノベーションハブ構築支援事業 | 高精度の予測に基づく予防医療の実現に向けた疾患ビッグデータ主導型イノベーションハブ | JPMJIH1504 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Multifaceted analysis of cross-tissue transcriptomes reveals phenotype–endotype associations in atopic dermatitis. | doi: 10.1038/s41467-023-41857-8 | JGAD000757 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
