NBDC Research ID: hum0396.v1
研究内容の概要
目的：健康な日本人における腸内細菌叢と食事や生活習慣の関連性の解明を目指したデータ集積
方法：すこやか健康調査の第II期（2020年5月～2021年3月）に宮崎大学において実施した、コホート調査による生活習慣等のデータ、ならびに、末梢血由来のDNAを用いたSNPアレイ解析
対象：【すこやか健康調査】健常成人50名（20歳以上80歳未満）
【SNPアレイ】健常成人45名（20歳以上80歳未満）
URL：https://e-healthsurvey.jp/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000679 |
2020年の50名分のデータ SNPアレイ（健常人45名のgenotypingデータ） |
制限公開（Type I） | 2024/04/01 |
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データ概要
Dataset ID: JGAD000810（32.7 MB）
制限事項：NBDC policy
| データ項目一覧 | すこやか健康調査_データ項目一覧.xlsx |
| 対象 | 健常成人：50名（2020年） |
| 調査項目 | 測定年、年齢、性別、地域、調査の途中での中止の有無 |
| ファイル名 | summer/winter：research.txt（3 KB / 3 KB） |
| 対象 | 健常成人：50名（2020年） |
| 検査項目 |
【一般】白血球（×103/μl）、赤血球（×104/μl）、ヘモグロビン（g/dl）、ヘマトクリット（％）、血小板（×104/μl） 【肝機能】GOT（IU/l）、GPT（IU/l）、γ-GTP（IU/l）、ALP（IU/l）、LDH(IU/l) 【腎機能】BUN（mg/dl）、クレアチニン（mg/dl）、尿酸（mg/dl） 【脂質】総コレステロール（mg/dl）、中性脂肪（mg/dl）、HDLコレステロール（mg/dl）、LDLコレステロール（mg/dl） 【血糖】血糖（mg/dl）、HbA1c（％：NGSP値） 【内分泌】甲状腺刺激ホルモン（μIU/ml） 【栄養状態】総タンパク（g/dl）、アルブミン（g/dl）、コリンエステラーゼ（U/l）、ナトリウム（mEq/l）、クロール（mEq/l）、マグネシウム（mg/dl）、カルシウム（mg/dl）、鉄（μg/dl） |
| ファイル名 | summer/winter：blood_test.txt（18 KB / 18 KB） |
| 対象 | 健常成人：50名（2020年） |
| 検査項目 | 尿糖、尿たんぱく、ウロビリノーゲン、尿ビリルビン、尿中ケトン体、尿pH、尿潜血、セロトニン代謝産物（5-HIAA：mg/l） |
| ファイル名 | summer/winter：urinalysis.txt（4 KB / 4 KB） |
| 対象 | 健常成人：50名（2020年） |
| 検査項目 | 血圧（収縮期、拡張期：mmHg）、脈拍（回/分）、身長（cm）、腹囲（cm）、体重（kg）、BMI（kg/m2）、体脂肪率（％） |
| ファイル名 | summer/winter：physical_vital.txt（5 KB / 5 KB） |
| 対象 | 健常成人：50名（2020年） |
| 調査項目 |
教育歴、職業・職種、家族構成、既往歴、治療中の疾患、ストレス状態・睡眠状態に関する質問票、など 抗菌薬の使用状況と糞便の性状 |
| ファイル名 |
summer/winter：questionnaire.txt（95 KB / 80 KB） summer/questionnaire_antibiotic.csv（5 KB） |
| 説明ファイル | 抗菌薬使用の有無について.txt |
| 対象 | 健常成人：50名（2020年） |
| 調査項目 | 検査前の食事時間、献血の有無、妊娠・授乳の有無 |
| ファイル名 | summer/winter：interview.txt（3 KB / 3 KB） |
| 対象 | 健常成人：50名（2020年） |
| 調査項目 | 寝る前の体調、夜間の目覚め、起きた時の体調などに関するアンケート |
| ファイル名 | summer/winter：diary_calc.txt（78 KB / 76 KB） |
| 対象 | 健常成人：50名（2020年） |
| 調査項目 | 睡眠時の心拍と脳波の測定データ（睡眠時間、覚醒回数、心拍の平均値等、90項目） |
| ファイル名 | SIP2B観察研究（心拍と脳波）_2020_summer/winter.csv（50 KB / 50 KB） |
| 説明ファイル | 心拍脳波データ項目.xlsx |
| 内容 | 対象 | ファイル名 |
|---|---|---|
|
糞便のショートリードショットガンメタゲノム解析の KEGG Orthologyによる遺伝子機能組成データ |
健常成人：50名（2020年） | metagenomics/summary_functional_ko_abundances_Miyazaki.tsv（2,900 KB） |
|
糞便のショートリードショットガンメタゲノム解析の Kraken2による微生物の組成データ【種】 |
健常成人：50名（2020年） | metataxonomics/summary_taxonomic_species_abundances_Miyazaki.tsv（1,800 KB） |
|
糞便のショートリードショットガンメタゲノム解析の Kraken2による微生物の組成データ【属】 |
健常成人：50名（2020年） | metataxonomics/summary_taxonomic_genus_abundances_Miyazaki.tsv（386 KB） |
|
糞便のショートリードショットガンメタゲノム解析の Kraken2による微生物の組成データ【科】 |
健常成人：50名（2020年） | metataxonomics/summary_taxonomic_family_abundances_Miyazaki.tsv（83 KB） |
|
糞便のショートリードショットガンメタゲノム解析の Kraken2による微生物の組成データ【門】 |
健常成人：50名（2020年） | metataxonomics/summary_taxonomic_phylum_abundances_Miyazaki.tsv（12 KB） |
| 説明ファイル | - | メタゲノムデータの説明.txt |
| 対象 | 健常成人：50名（2020年） |
| 調査項目 | 総たんぱく質やナトリウムなど57種類の栄養素摂取量、および、米や豆腐など148種類の食品群別摂取量のデータ |
| ファイル名 |
栄養素摂取量_食品群別摂取量/SIP2020夏_栄養素摂取量_食品群別摂取量.txt（45 KB） 栄養素摂取量_食品群別摂取量/SIP2020冬_栄養素摂取量_食品群別摂取量.txt（46 KB） |
| 説明ファイル |
栄養計算結果データにつきまして.pdf 食事調査栄養素摂取量・食品群別摂取量ラベル.xlsx |
| 対象 | 健常成人：50名（2020年） |
| 調査項目 | 牛肉やたこ等、様々な食品705項目の摂取頻度 |
| ファイル名 | 2020_winter/ffq_all.txt（300 KB） |
| 説明ファイル | FFQ出力項目と単位（Ver.5版）.xlsx |
| 内容 | 対象 | ファイル名 |
|---|---|---|
| 血漿中親水性代謝産物のターゲットメタボローム解析データ | 健常成人：50名（2020年） | metabolomics/summary_targeted_blood_datasets_Miyazaki.tsv（286 KB） |
| 糞便中親水性代謝産物のターゲットメタボローム解析データ | 健常成人：50名（2020年） | metabolomics/summary_targeted_feces_datasets_Miyazaki.tsv（238 KB） |
| 糞便中親水性代謝産物のノンターゲットメタボローム解析データ | 健常成人：50名（2020年） | metabolomics/summary_untargeted_datasets_Miyazaki.tsv（3,200 KB） |
| 糞便中胆汁酸のターゲットメタボローム解析データ | 健常成人：50名（2020年） | metabolomics/summary_bileacids_datasets_Miyazaki.tsv（9 KB） |
| 糞便中脂質のノンターゲットメタボローム解析データ | 健常成人：50名（2020年） | metabolomics/summary_lipids_datasets_Miyazaki.tsv（144 KB） |
| 血漿中タンパク質のノンターゲット解析データ | 健常成人：50名（2020年） | metabolomics/summary_olink_datasets_Miyazaki.tsv（77 KB） |
| 説明ファイル | - | メタボロームデータの説明.txt |
分子データ
| 対象 | 健常成人：45名 |
| 規模 | genome wide SNPs |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Affymetrix [Japonica Array v2] |
| ソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Axiom 2.0 Reagent Kit |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Axiom Analysis suite v4.0.0.28 |
| フィルタリング | サンプルQC: Dish QC ≥0.82 & QC call rate ≥97% |
| マーカー数（QC後） | 659,709 SNPs |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000811 |
| 総データ量 | 32.7 MB（ped＋map） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 吉村 学
所 属 機 関： 宮崎大学医学部 地域医療・総合診療医学講座
URL： https://e-healthsurvey.jp/
プロジェクト/研究グループ名： 「戦略的イノベーション創造プログラム（SIP）［スマートバイオ産業・農業基盤技術］」における「食を通じた健康システムの確立による健康寿命の延伸への貢献」プロジェクト
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| SIP スマートバイオ産業・農業基盤技術 | 食を通じた健康システムの確立による健康寿命の延伸への貢献 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | |||
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 藤原 健太 | 大正製薬株式会社 セルフメディケーション研究開発企画部 | 日本 | SIP 観察研究データを用いた不調解析 | JGAD000810 | 2024/07/11-2025/03/31 |
| 川原田 雄希 | 株式会社ちとせ研究所 Tech & Biz Development Div. | 日本 | 複数機関の網羅的研究調査試験で得られたデータを用いた統合的データ解析およびデータ連携技術の開発 | JGAD000810, JGAD000811 |
2024/07/11-2028/03/31 |
| 宮地 一裕 | 森永乳業株式会社 健康栄養科学研究所 | 日本 | 日本人の健康状態・栄養状態と食事・睡眠・ストレス状態など生活習慣の関連性についての横断研究 | JGAD000810, JGAD000811 |
2024/07/11-2028/03/31 |
| 木村 守 | キユーピー株式会社 研究開発本部 | 日本 | 複数機関の網羅的研究調査試験で得られたデータを用いた統合的データ解析およびデータ連携技術の開発 | JGAD000810, JGAD000811 |
2024/10/15-2028/03/31 |
| 西嶋 智彦 | 江崎グリコ株式会社 基礎研究室 | 日本 | 複数機関の網羅的研究調査試験で得られたデータを用いた統合的データ解析およびデータ連携技術の開発 | JGAD000810, JGAD000811 |
2024/10/22-2028/03/31 |
| 西山 光恵 | 株式会社ツムラ ツムラ先端技術研究所 システムバイオロジー部 | 日本 | 複数機関の網羅的研究調査試験で得られたデータを用いた統合的データ解析およびデータ連携技術の開発 | JGAD000810, JGAD000811 |
2024/12/10-2028/03/31 |
