NBDC Research ID: hum0394.v2
研究内容の概要
目的： 非小細胞肺がん組織におけるがんおよび周囲の間質細胞の状態を詳細に明らかにすることで、複雑な腫瘍内不均一性およびがん微小環境を考慮した新規肺がん層別化手法の開発を目指す。肺がん手術検体より得られた凍結およびホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織切片を用いた空間トランスクリプトーム解析および関連するさまざまなオミクス解析により、がん細胞のオミクスステータスだけでなく、腫瘍浸潤リンパ球、がん関連線維芽細胞等の種類、空間分布などの特徴づけを行い、がん－微小環境の相互作用そのものを評価する新しい指標を提案するものである。
方法：【Visium：Spatial transcriptome sequencing】Illuminaによる空間トランスクリプトームVisiumシークエンスデータ
【Xenium：High-performance in situ gene expression mapping】10xによる高性能in situ遺伝子発現マッピングデータ
【Multiplex fluorescence immunostaining】 PhenoCyclerシステムによる多重蛍光免疫染色データ
【Whole Genome Sequencing】 illumina および Nanopore による全ゲノムシークエンスデータ
【Targeted Long-Read Methylation Sequencing】Nanopore によるターゲットロングリードメチル化シークエンスデータ
対象：【Visium：Spatial transcriptome sequencing】非小細胞肺がん症例の腫瘍組織 8症例（16検体）
【Xenium：High-performance in situ gene expression mapping】非小細胞肺がん症例の腫瘍組織 5症例（5検体）
【Multiplex fluorescence immunostaining】 非小細胞肺がん症例の腫瘍組織3症例（3検体）
【Whole Genome Sequencing】 非小細胞肺がん1症例の腫瘍組織 1検体、非腫瘍組織 1検体
【Targeted Long-Read Methylation Sequencing】非小細胞肺がん1症例のマイクロダイセクションした5領域の腫瘍組織 1検体
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000613 |
NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像 |
制限公開（Type I） | 2024/04/08 |
| JGAS000757 | NGS（WGS、t-nanoEM） | 制限公開（Type I） | 2024/11/20 |
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分子データ
Visium Spatial Gene Expression、病理画像
| 対象 |
非小細胞肺がん（ICD10：C349）：8症例 腫瘍組織：16検体 |
| 規模 | Visium Spatial Gene Expression、病理画像 |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 手術検体の凍結切片におけるRNA、および、FFPE切片においてRNAとハイブリダイズしたプローブ |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Visium Spatial Gene Expression Reagent Kits |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
fresh-frozen：118 bp FFPE：78 bp |
| 解析ソフトウェア | spaceranger-1.2.1、spaceranger-1.3.0 |
| QC | - |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000742 |
| 総データ量 | 479.7 GB（fastq、png、json、csv、tsv、mtx、cloupe、html） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
Xenium In Situ Gene Expression
| 対象 |
非小細胞肺がん（ICD10：C349）：5症例 腫瘍組織：5検体 |
| 規模 | Xenium In Situ Gene Expression |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 302遺伝子（Human Lung panel：202遺伝子、カスタム：100遺伝子） |
| Platform | 10x Genomics [Xenium Analyzer] |
| ソース | 手術検体の腫瘍組織（凍結およびFFPE切片） |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（パネル、キット名、バージョンなど） |
Xenium Slides & Sample Prep Reagents Xenium Decoding Reagents Xenium Decoding Consumables |
| 解析ソフトウェア（可視化ツールなど） | xenium-1.1.0.2、xenium-1.2.0.3 |
| QC | - |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000742 |
| 総データ量 | 479.7 GB（csv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarr） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
Multiplex Fluorescence Immunostaining
| 対象 |
非小細胞肺がん（ICD10：C349）：3症例 腫瘍組織：3検体 |
| 規模 | Multiplex Fluorescence Immunostaining |
| 対象領域（Target Captureの場合） | Cycle/蛍光タンパク質対応表 |
| Platform | Akoya Biosciences [PhenoCycler] |
| ライブラリソース | 肺腺がんの腫瘍組織 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 細胞処理方法（キット名） | Staining Kit for PhenoCycler |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000742 |
| 総データ量 | 479.7 GB（qptiff） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
非小細胞肺がん（ICD10：C349）：1症例 腫瘍組織：1検体（Illumina、Nanopore） 非腫瘍組織：1検体（Illumina） |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
Illumina [NovaSeq 6000] Nanopore [PromethION] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
Illumina：TruSeq Nano DNA Library Prep Kit、NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit、NEBNext Multiplex Oligos for Illumina Nanopore：Ligation Sequencing Kit V14（SQK-LSK114） |
| 断片化の方法 |
Illumina：超音波断片化（Covaris） Nanopore：- |
| ライブラリ構築方法 |
Illumina：Paired-end Nanopore：Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
Illumina：300 bp Nanopore：平均 7,500 bp |
| マッピング方法 |
Illumina：BWA-MEM Nanopore：Guppy |
| マッピングクオリティ | - |
| マッピングの際のリファレンス配列 | hg38 |
| 平均カバー率（Depth） | Illumina：x82 （腫瘍組織）、x44 （非腫瘍組織） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000898 |
| 総データ量 | 616.6 GB（fastq、bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
非小細胞肺がん（ICD10：C349）：1症例 マイクロダイセクションした5領域の腫瘍組織：1検体 |
| 規模 | t-nanoEM |
| 対象領域（Target Captureの場合） | Twist Alliance Pan-cancer Methylation Panel - 1.5 MB |
| Platform | Nanopore [PromethION] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
NEBNext Enzymatic Methyl-seq Kit The five libraries were pooled and subjected to target enrichment using the Twist Standard Hyb and Wash Kit v2 with a pan-cancer panel. |
| 断片化の方法 | Covaris g-TUBE |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均 4,800 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000898 |
| 総データ量 | 616.6 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 鈴木 絢子
所 属 機 関： 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 メディカルオミクス解析分野
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 若手研究 | 肺がん組織における空間的遺伝子発現および局所変異解析手法の構築 | 21K15566 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | |||
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
