NBDC Research ID: hum0393.v2
研究内容の概要
目的： 膠原病類縁疾患の新規バイオマーカーおよび治療標的分子の探索
方法：
JGAS000693：Moflo XDPセルソーター（Beckman Coulter）によりCD4+CD45RA-CD25hiCD127lo Treg細胞を分取後、TRIZOL-LS（ThermoFisher/Invitrogen）にて抽出したRNAを用いたRNA-seq解析
JGAS000630：human CD19 MicroBeads（Miltenyi Biotec）およびhuman PanT Cell Isolation Kit（Miltenyi Biotec）を用いてCD19+細胞およびT細胞を回収し、TRIZOL-LS（ThermoFisher/Invitrogen）にて抽出したRNAを用いたRNA-seq解析
対象：
JGAS000693：未治療の関節リウマチ6症例、対照健常者6名
JGAS000630：未治療のIgG4関連疾患4症例、アメリカリウマチ学会/ヨーロッパリウマチ学会の基準を満たす原発性シェーグレン症候群3症例および対照健常者3名
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000693 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/08/23 |
| JGAS000630 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2025/10/28 |
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分子データ
RNA-seq （JGAS000693 / JGAS000630）
| 対象 |
【JGAS000693】 未治療の関節リウマチ（ICD10：M690）：6症例（6検体） 健常者：6名（6検体） 【JGAS000630】 IgG4関連疾患（ICD10：M359）：4症例 顎下腺：3検体 末梢血単核球：4検体 原発性シェーグレン症候群（ICD10：M350）：3症例 末梢血単核球：3検体 健常者：3名 末梢血単核球：3検体 各検体からCD19+細胞およびT細胞を1検体ずつ取得：合計 26検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NextSeq 500] |
| ライブラリソース |
JGAS000693：末梢血から分取したCD4+CD45RA-CD25hiCD127lo Treg細胞から抽出したRNA JGAS000630：CD19+細胞検体およびT細胞検体から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit、takara smarter kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 36 bp x 2 |
| マッピング方法 | CLC Genomics Workbench |
| リファレンス配列 | hg19 |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | CLC Genomics Workbench |
| フィルタリング（QC）方法 | - |
| 遺伝子数 | 57,768 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID |
JGAD000826：関節リウマチ、健常者 JGAD000760：IgG4関連疾患、原発性シェーグレン症候群、健常者 |
| 総データ量 |
JGAD000826：5.7 GB（fastq、transcripts per million（TPM）をまとめたcsvファイル） JGAD000760：26.0 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者：坪井 洋人
所 属 機 関：筑波大学 医学医療系 膠原病リウマチアレルギー内科学
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 関節リウマチにおける濾胞性制御性T細胞の機能と疲弊の解明 | 21H02959 |
| JST科学技術イノベーション創出に向けた大学フェローシップ創設事業 | 関節リウマチの加齢に伴う制御性T細胞の機能変化解析 | JPMJFS2106 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | IgG4関連疾患におけるRNA-Seqを用いた遺伝子発現解析と新規治療標的の開発 | 21K08471 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Mechanisms of age-related Treg dysfunction in an arthritic environment | doi: 10.1016/j.clim.2024.110337 | JGAD000826 |
| 2 | Analysis of lymphocytes specific gene expression pattern by RNA-Seq in patients with IgG4-related disease: Comparison between submandibular glands and peripheral blood | doi: 10.1093/mr/roaf059 | JGAD000760 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
