NBDC Research ID: hum0391.v1
研究内容の概要
目的： 化学療法剤を用いたがん治療では、化学療法耐性のわずかながん細胞が生き残り、がん再発の原因となる。したがって、この残存がん細胞が生じる分子基盤を解明し、それらを駆逐する手法を確立することは、多くのがん患者の究明につながる。本研究では、独自に樹立したヒト舌がんオルガノイドライブラリーを対象に、１細胞マルチオーム解析を用いて、化学療法耐性がんクローンの性質を遺伝子発現およびクロマチンアクセシビリティーの特徴から明らかにし、それらを駆逐するための分子標的を探索する。
方法： scMultiome（10x Genomics）解析
対象： 舌がん症例の腫瘍組織から樹立した舌がんオルガノイド
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000606 | NGS（scRNA-seq、scATAC-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/09/25 |
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分子データ
| 対象 | 舌がん（ICD10：C01、C02）：4症例
腫瘍組織から樹立したオルガノイド：4検体 |
| 規模 | scRNA-seq、scATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | オルガノイドから抽出したDNAおよびRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression Reagent Kits |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
scRNA-seq：118 bp scATAC-seq：99 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000735 |
| 総データ量 | 318.4 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）『生命科学系３分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（「先進ゲノム支援」）による支援を受けました。
提供者情報
研究代表者：佐藤 卓
所 属 機 関：東京医科歯科大学 難治疾患研究所 生体防御学分野 / 日本医科大学 大学院医学研究科 代謝・栄養学分野
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 学術変革領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 22H04925 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Comparative analysis of organoids derived from tongue cancer patients identifies the heritable nature of minimal residual disease | JGAD000735 | |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
