NBDC Research ID: hum0389.v1
研究内容の概要
目的： 児と付属物（胎盤）の発生・発育異常を呈する症例において、関連が疑われる遺伝子・ゲノム領域を解析し、発症に関与する因子の解明と適切な周産期管理法の開発を目指す
方法： キャプチャーメチルシーケンス法（アジレント社SureSelect XT Methyl-Seq法）
対象： 健常女性4名の末梢血由来ゲノムDNAに対して取得したキャプチャーメチルシーケンスデータ
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000605 | NGS（Capture Methyl-seq） | 制限公開（Type I） | 2023/04/04 |
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分子データ
| 対象 | 健常女性：4名（疾患罹患児の母、もしくは正常分娩妊婦） |
| 規模 | Capture Methyl-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | Agilent SureSelect XT Methyl-Seqキャプチャーベイトが標的とする3,156,463箇所のCGサイト |
| Platform | Illumina [HiSeq X] |
| ライブラリソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect XT Methyl-Seq |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 151 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000734 |
| 総データ量 | 17.4 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 中林 一彦
所 属 機 関： 国立成育医療研究センター 周産期病態研究部
プロジェクト/研究グループ名： 精緻エピゲノム解析技術開発とIRUD未解明症例への応用
URL: https://www.raddarj.org/registry/精緻エピゲノム解析技術開発とirud未解明症例への/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 難治性疾患実用化研究事業 | 精緻エピゲノム解析技術開発とIRUD未解明症例への応用 | JP22ek0109489 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | A capture methyl-seq protocol with improved efficiency and cost-effectiveness using pre-pooling and enzymatic conversion | doi: 10.1186/s13148-019-0712-3 | JGAD000734 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
