NBDC Research ID: hum0385.v2
研究内容の概要
目的： 混合型肝がん・細胆管細胞がん・Cytokeratin（CK）19陽性肝がん・SOX9陽性肝がんの遺伝子変異を調査し、臨床病理学的特徴との関係性を明らかにする
方法： 細胆管細胞がん、混合型肝がんの手術検体（非腫瘍組織および腫瘍組織）から抽出したDNAを用いた全エクソン解析
対象： 細胆管細胞がん、混合型肝がん
URL： https://hbptsurgery.kuhp.kyoto-u.ac.jp/study/liver-regeneration-research/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000597 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2023/12/14 |
| JGAS000599 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2024/01/09 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 |
細胆管細胞がん（ICD10：C221）：8症例 腫瘍組織：8検体、非腫瘍組織：8検体、再発巣：2検体 混合型肝がん（ICD10：C227）：13症例 腫瘍組織：13検体、非腫瘍組織：13検体、再発巣：2検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織、非腫瘍組織、および再発巣から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human AllExon V6 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 （Covaris LE220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID |
細胆管細胞がん：JGAD000726 混合型肝がん：JGAD000728 |
| 総データ量 |
JGAD000726：157.1 GB （fastq） JGAD000728：169.3 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 石井 隆道
所 属 機 関： 京都大学大学院医学研究科 肝胆膵・移植外科
プロジェクト/研究グループ名：-
URL： https://hbptsurgery.kuhp.kyoto-u.ac.jp/study/liver-regeneration-research/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 癌幹細胞の観点から見た肝痛におけるゲノム不均一性の解明 | 19K09145 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Integrated analyses of the genetic and clinicopathological features of cholangiolocarcinoma: cholangiolocarcinoma may be characterized by mismatch-repair deficiency. | doi:10.1002/path.6257 | JGAD000726 |
| 2 | Comprehensive analyses of the clinicopathological features and genomic mutations of combined hepatocellular-cholangiocarcinoma | doi: 10.1111/hepr.13965 | JGAD000728 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
