NBDC Research ID: hum0384.v1

 

研究内容の概要

目的: 造血器腫瘍の腫瘍細胞のゲノム・エピゲノム・遺伝子発現解析を行い、腫瘍特異的な遺伝子・エピゲノム・遺伝子発現異常を明らかにすることで、治療標的になりうるか検討する。具体的には、in vitroでの阻害剤投与による抗腫瘍効果の解析や、腫瘍細胞を免疫不全マウスに移植したxenograftモデルを確立し、治療標的の候補となった分子の阻害剤を投与する事でin vivo治療モデルを構築する。最終的には、造血器腫瘍の新規治療薬開発や予後向上に貢献する事を目指す。

方法: 造血器腫瘍の確定診断のため採取した骨髄穿刺液の一部を用いる。Ficoll処理により単核球を抽出し、正常細胞の混入を出来るだけ避けるために、MACSビーズもしくはFACS sorterを用いて腫瘍細胞をsortingする。これらの細胞を用いて、遺伝子変異情報を得るために、主要な変異遺伝子のtarget deep sequencingを行うとともに、RNAシークエンスによる遺伝子発現プロファイル解析、およびクロマチン状態と転写制御ネットワークの解析を行うため ATAC-seq によるオープンクロマチン領域の解析を行う。

対象: 共同研究機関(都立駒込病院、文京学院大学、千葉大学附属病院)にて収集した急性骨髄芽球性白血病症例ならびに骨髄異形成症候群症例、および Lonza にて購入した正常細胞

 

データID内容制限公開日
JGAS000603 NGS(RNA-seqTarget Capture 制限公開(Type I) 2024/06/19
JGAS000718 NGS(RNA-seqATAC-seq 制限公開(Type I) 2024/06/19

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分子データ

RNA-seq

対象

【JGAS000603】

急性骨髄芽球性白血病(ICD10:C92.0):4症例

骨髄異形成症候群(ICD10:D46):30症例

Lonzaから購入した正常細胞:4検体

【JGAS000718】

Lonzaから購入した正常細胞:2検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 1500/2500]
ライブラリソース 腫瘍細胞または正常細胞から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) LONZA 2M-101A2M-101C:骨髄 CD34+前駆細胞
ライブラリ作製方法(キット名) SMARTer Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 60 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000732

JGAD000851

総データ量

JGAD000732:79.6 GB(fastq)

JGAD000851:179.5 GB(fastq)

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Target Capture

対象

急性骨髄芽球性白血病(ICD10:C92.0):4症例

骨髄異形成症候群(ICD10:D46):30症例

規模 Target Capture
対象領域(Target Captureの場合) QIAseq DHS-003Z:Human Myeloid Neoplasms Panel
Platform Illumina [MiSeq]
ライブラリソース 腫瘍細胞から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) QIAseq Targeted DNA Panels
断片化の方法 酵素反応
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 151 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000732
総データ量 79.6 GB(fastq)
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ATAC-seq

対象

急性骨髄芽球性白血病(ICD10:C92.0):4症例

骨髄異形成症候群(ICD10:D46):30症例

Lonzaから購入した正常細胞:6検体

規模 ATAC-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 1500]
ライブラリソース 腫瘍細胞または正常細胞から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) LONZA 2M-101A2M-101C:骨髄 CD34+前駆細胞
ライブラリ作製方法(キット名) NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit
断片化の方法 Tn5トランスポゼース
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 60 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000851
総データ量 179.5 GB(fastq)
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提供者情報

研究代表者: 岩間 厚志

所 属 機 関: 東京大学 医科学研究所 幹細胞治療研究センター 幹細胞分子医学分野

プロジェクト/研究グループ名:-

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(C) MDS病態の分子基盤の解明と新規予後予測システムの構築 21K08366

 

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タイトルDOIデータID
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間