NBDC Research ID: hum0366.v1
研究内容の概要
目的： 新型コロナウイルス感染症（COVID-19）の病態生理及びコロナワクチン接種後の免疫動態を解析し、臨床分野での応用を目指す。
方法： single cell RNA-seq：COVID-19患者16症例（ARDS合併；8症例、ARDS非合併；8症例）と対照健常者5名の末梢血単核球をシングルセルRNA sequenceで解析。
RNA-seq：健常者4名の末梢血単核球由来の単球から抽出したtotal RNAをRNA sequenceで解析。
ATAC-seq：健常者5名の末梢血単核球由来の単球から抽出したDNAをATAC sequenceで解析。
対象： single cell RNA-seq: COVID-19患者: 16症例（ARDS合併；8例、ADRS非合併；8例）、対照健常者: 5名
RNA-seq：健常者4名（各4検体、いずれも末梢血）
ATAC-seq：健常者5名（各4ないしは5検体、いずれも末梢血）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| E-GEAD-551 | NGS（scRNA-seq） | 非制限公開 | 2023/03/16 |
| E-GEAD-552 | 非制限公開 | 2023/03/16 |
※リリース情報はこちら
※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。記載例はこちら。
分子データ
| 対象 |
COVID-19患者 （ICD10：U07.1）：16症例 ARDS合併：8症例 ARDS非合併：8症例 対照健常者：5名 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血単核細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 5′ Library & Gel Bead Kit v1.1、Chromium Next GEM Chip G Single Cell Kit、Single Index Kit T Set A |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
Read1：26 bp Read2：91 bp |
| マッピング方法 | STAR |
| リファレンス配列 | GRCh38 |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | dropEst |
| フィルタリング（QC）方法 | UMI値が1,000未満または20,000以上の細胞、およびミトコンドリア遺伝子またはヘモグロビン遺伝子からのリードが10%以上含まれる細胞はlow qualityと判断し、解析から除外した。また、各サンプル毎にScrubletを用いて、推定ダブレットを除去した。 |
| 遺伝子数 | 24,541 genes |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-551 |
| 総データ量 | 2.3495 GB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常者：4名（各4検体） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血単核細胞由来の単球から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Nextera XT DNA Library Preparation Kit |
| 断片化の方法 | Tagmentation（Nextera XT DNA Library Preparation Kit） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| マッピング方法 | HISAT2 |
| リファレンス配列 | hg38 |
| リードカウント決定アルゴリズム（ソフトウェア） | featureCounts（version 1.6.3） |
| フィルタリング（QC）方法 | Trimmomatic software（version 0.38）を用いて、Low-quality（<20）塩基とアダプター配列を除去した。（設定パラメータは以下の通り: ILLUMINACLIP: path/to/adapter.fa:2:30:10 LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36） |
| 遺伝子数 | 31,706 genes |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-552 |
| 総データ量 | 2.3495 GB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常者：5名（各4検体ないしは5検体） |
| 規模 | ATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血単核細胞由来の単球から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | ATAC-Seq Kit |
| 断片化の方法 | Tagmentation（ATAC-Seq Kit） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| マッピング方法 | Bowtie2 |
| リファレンス配列 | hg38 |
| オープンクロマチン領域決定アルゴリズム（ソフトウェア） | featureCounts（version 1.6.3） |
| フィルタリング（QC）方法 | Trimmomatic software（version 0.38）を用いて、Low-quality（<20）塩基とアダプター配列を除去した。（設定パラメータは以下の通り: ILLUMINACLIP: path/to/adapter.fa:2:30:10 LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36） |
| peak数 | 33548 peaks |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-552 |
| 総データ量 | 2.3495 GB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 加藤 保宏
所 属 機 関： 大阪大学大学院医学系研究科 呼吸器・免疫内科学
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（S） | 神経・免疫・代謝におけるガイダンス因子の病的意義の解明とその制御 | 18H05282 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Consecutive BNT162b2 mRNA vaccination induces short-term epigenetic memory in innate immune cells | doi: 10.1172/jci.insight.163347 | E-GEAD-551 E-GEAD-552 |
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