NBDC Research ID: hum0357.v5
研究内容の概要
目的：呼吸器疾患症例の肺組織を用いたマルチオミックス解析による新規治療方法の解明
方法：肺がん症例の腫瘍組織（胸水、喀痰、末梢血、摘出組織、生検）または、腫瘍組織周辺の正常肺組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA/RNAを用いたWhole Genome Sequencing（WGS）、Whole Exome Sequencing（WES）、RNA-seq、ATAC-seq、Methylation解析
対象：肺がん43症例43検体（JGAS000557/JGAD000678）＋33症例40検体（JGAS000609/JGAD000738）＋29症例36検体（JGAS000610/JGAD000739）
URL：http://www.keio-med.jp/pulmonary/clinical/case.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000557 | 制限公開（Type I） | 2022/11/30 | |
| JGAS000557（データ削除） | 制限公開（Type I） | 2023/01/11 | |
| JGAS000557（データ追加） | 制限公開（Type I） | 2023/02/15 | |
| JGAS000609 | 制限公開（Type I） | 2023/08/09 | |
| JGAS000610 | 制限公開（Type I） | 2023/08/09 | |
| JGAS000609（データ追加） | 制限公開（Type I） | 2024/06/05 | |
| JGAS000610（データ追加） | 制限公開（Type I） | 2024/06/05 |
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分子データ
| 対象 | 肺がん （ICD10：C349）：22症例 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V6 kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000678 |
| 総データ量 | 3 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺がん （ICD10：C349） 【オルガノイド】 JGAS000557/JGAD000678：21症例 JGAS000609/JGAD000738：27＋6症例（30＋10検体） JGAS000610/JGAD000739：25＋4症例（31＋5検体） 【腫瘍組織】 JGAS000609/JGAD000738：10症例（10検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織または腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V6 kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 |
JGAD000678：3 TB（fastq） JGAD000738：384.8＋207.3 GB（fastq） JGAD000739：471.8＋38.4 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺がん （ICD10：C349） 【オルガノイド】 JGAS000557/JGAD000678：43症例 JGAS000609/JGAD000738：33＋6症例（38＋10検体） （v4に正常肺オルガノイド6症例8検体含む） JGAS000610/JGAD000739：25＋4症例（31＋5検体） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織または正常肺から樹立したオルガノイドより抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq RNA Library Prep Kit v2 |
| 断片化の方法 | TruSeq RNA Library Prep Kit v2 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 |
JGAD000678：3 TB（fastq） JGAD000738：384.8＋207.3 GB（fastq） JGAD000739：471.8＋38.4 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺がん （ICD10：C349） 【オルガノイド】 JGAS000557/JGAD000678：42症例 JGAS000609/JGAD000738：14＋2症例（14＋3検体） JGAS000610/JGAD000739：25症例28検体 |
| 規模 | ATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X Ten] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Nextera XT DNA Library Preparation Kit |
| 断片化の方法 | Tn5 transposase |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 |
JGAD000678：3 TB（fastq） JGAD000738：384.8＋207.3 GB（fastq） JGAD000739：471.8 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 肺がん （ICD10：C349）：42症例 |
| 規模 | メチル化アレイ |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Infinium MethylationEPIC BeadChip] |
| ソース | 腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Infinium MethylationEPIC microarray |
| プローブ数 | 850,000 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000678 |
| 総データ量 | 3 TB（idat） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 安田 浩之
所 属 機 関： 慶應義塾大学 医学部 呼吸器内科
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | 肺癌オルガノイドライブラリー統合解析による癌の不均一性の解明と新規治療標的同定 | JP21cm0106576 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | 肺癌オルガノイドライブラリーを用いた肺癌フェノタイプ多様性を規定する分子基盤解明と新規治療標的同定 | JP22ck0106722 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 肺癌オルガノイドライブラリーを用いた肺癌シグナル経路異常の解明 | 21H02765 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 肺癌オルガノイドライブラリーを用いた新規治療標的の同定 | 19K08610 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 小細胞肺癌オルガノイドを用いた小細胞肺癌発癌過程の理解 | 22K08290 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Genotype-phenotype mapping of a patient-derived lung cancer organoid biobank identifies NKX2-1-defined Wnt dependency in lung adenocarcinoma | doi: 10.1016/j.celrep.2023.112212 | JGAD000678 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
