NBDC Research ID: hum0357.v5

 

研究内容の概要

目的:呼吸器疾患症例の肺組織を用いたマルチオミックス解析による新規治療方法の解明

方法:肺がん症例の腫瘍組織(胸水、喀痰、末梢血、摘出組織、生検)または、腫瘍組織周辺の正常肺組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA/RNAを用いたWhole Genome Sequencing(WGS)、Whole Exome Sequencing(WES)、RNA-seq、ATAC-seq、Methylation解析

対象:肺がん43症例43検体(JGAS000557/JGAD000678)+33症例40検体(JGAS000609/JGAD000738)+29症例36検体(JGAS000610/JGAD000739)

URL:http://www.keio-med.jp/pulmonary/clinical/case.html

 

データID内容制限公開日
JGAS000557

NGS(WGS)

NGS(Exome)

NGS(RNA-seq)

NGS(ATAC-seq)

メチル化アレイ

制限公開(Type I) 2022/11/30
JGAS000557(データ削除)

NGS(WGS)

NGS(RNA-seq)

NGS(ATAC-seq)

メチル化アレイ

制限公開(Type I) 2023/01/11
JGAS000557(データ追加)

NGS(WGS)

NGS(RNA-seq)

NGS(ATAC-seq)

メチル化アレイ

制限公開(Type I) 2023/02/15
JGAS000609

NGS(Exome)

NGS(RNA-seq)

NGS(ATAC-seq)

制限公開(Type I) 2023/08/09
JGAS000610

NGS(Exome)

NGS(RNA-seq)

NGS(ATAC-seq)

制限公開(Type I) 2023/08/09
JGAS000609(データ追加)

NGS(Exome)

NGS(RNA-seq)

NGS(ATAC-seq)

制限公開(Type I) 2024/06/05
JGAS000610(データ追加)

NGS(Exome)

NGS(RNA-seq)

制限公開(Type I) 2024/06/05

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分子データ

WGS

対象 肺がん (ICD10:C349):22症例
規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect Human All Exon V6 kit
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000678
総データ量 3 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Exome

対象

肺がん (ICD10:C349)

【オルガノイド】

    JGAS000557/JGAD000678:21症例

    JGAS000609/JGAD000738:27+6症例(30+10検体)

    JGAS000610/JGAD000739:25+4症例(31+5検体)

【腫瘍組織】

    JGAS000609/JGAD000738:10症例(10検体)

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース 腫瘍組織または腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect Human All Exon V6 kit
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000678

JGAD000738

JGAD000739

総データ量

JGAD000678:3 TB(fastq)

JGAD000738:384.8+207.3 GB(fastq)

JGAD000739:471.8+38.4 GB(fastq)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

RNA-seq

対象

肺がん (ICD10:C349)

【オルガノイド】

    JGAS000557/JGAD000678:43症例

    JGAS000609/JGAD000738:33+6症例(38+10検体)

    (v4に正常肺オルガノイド6症例8検体含む)

    JGAS000610/JGAD000739:25+4症例(31+5検体)

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 腫瘍組織または正常肺から樹立したオルガノイドより抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq RNA Library Prep Kit v2
断片化の方法 TruSeq RNA Library Prep Kit v2
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000678

JGAD000738

JGAD000739

総データ量

JGAD000678:3 TB(fastq)

JGAD000738:384.8+207.3 GB(fastq)

JGAD000739:471.8+38.4 GB(fastq)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

ATAC-seq

対象

肺がん (ICD10:C349)

【オルガノイド】

    JGAS000557/JGAD000678:42症例

    JGAS000609/JGAD000738:14+2症例(14+3検体)

    JGAS000610/JGAD000739:25症例28検体

規模 ATAC-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq X Ten]
ライブラリソース 腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Nextera XT DNA Library Preparation Kit
断片化の方法 Tn5 transposase
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000678

JGAD000738

JGAD000739

総データ量

JGAD000678:3 TB(fastq)

JGAD000738:384.8+207.3 GB(fastq)

JGAD000739:471.8 GB(fastq)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

メチル化アレイ

対象 肺がん (ICD10:C349):42症例
規模 メチル化アレイ
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [Infinium MethylationEPIC BeadChip]
ソース 腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
調整試薬(キット名、バージョン) Infinium MethylationEPIC microarray
プローブ数 850,000
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000678
総データ量 3 TB(idat)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 安田 浩之

所 属 機 関: 慶應義塾大学 医学部 呼吸器内科

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構(AMED) 次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE) 肺癌オルガノイドライブラリー統合解析による癌の不均一性の解明と新規治療標的同定 JP21cm0106576
日本医療研究開発機構(AMED) 革新的がん医療実用化研究事業 肺癌オルガノイドライブラリーを用いた肺癌フェノタイプ多様性を規定する分子基盤解明と新規治療標的同定 JP22ck0106722
科学研究費助成事業 基盤研究(B) 肺癌オルガノイドライブラリーを用いた肺癌シグナル経路異常の解明 21H02765
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 肺癌オルガノイドライブラリーを用いた新規治療標的の同定 19K08610
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 小細胞肺癌オルガノイドを用いた小細胞肺癌発癌過程の理解 22K08290

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Genotype-phenotype mapping of a patient-derived lung cancer organoid biobank identifies NKX2-1-defined Wnt dependency in lung adenocarcinoma doi: 10.1016/j.celrep.2023.112212 JGAD000678
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間