NBDC Research ID: hum0350.v1

 

研究内容の概要

目的:多因子疾患の中で、免疫系が関与する疾病(自己免疫疾患、アレルギー疾患、感染症、癌、移植など)には適切な治療が少ない疾病が多い。この問題を解決し、よりよい治療法を見つけ出すために、ヒト免疫機能の十分な理解と疾患における病態の適切な把握が必要である。本研究では、健常人由来のリンパ球など免疫担当細胞を対象としたオミックス解析と遺伝子多型解析をベースにした新しい疾病研究の方法論を確立し、病態の理解と創薬の標的確定に重要な情報を蓄積する。そのための基盤データとして、健常人における免疫担当細胞のそれぞれのサブセットにおける、遺伝子発現を中心としたオミックス解析を遂行する。

方法: 全血から単離したCD4陽性T細胞から抽出したRNAまたはDNAに対して5' single-cell RNA-seq、3' single-cell RNA-seq、Micro-C、Region Capture Micro-C、CITE-seq、Multimodal assay(single-nucleus ATAC-seq、 3' and 5’ single-nucleus RNA-seq、 5' single-cell RNA-seq)、MAS-seq、CAGE-seq、NET-CAGE-seq を実施した。

対象: 日本人健常者3名(男性1名、女性2名)

 

データID内容制限公開日
JGAS000689

NGS(Micro-C and Region Capture Micro-C)

NGS(CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq)

NGS(5' and 3' single-cell RNA-seq)

NGS(Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5’ single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq)

NGS(MAS-seq)

NGS(CAGE-seq and NET-CAGE-seq)

制限公開(Type I) 2024/06/13

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分子データ

Micro-C and Region Capture Micro-C

対象

日本人健常者:3名

    CD4陽性T細胞:17検体

規模 Micro-C and Region Capture Micro-C
対象領域(Target Captureの場合) Dovetail Target Enrichment Kit (Cantata Bio, human pan promoter panel)
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出したゲノムDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Dovetail Micro-C kit
断片化の方法 MNase
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 400 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000822
総データ量 17.8 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

5' and 3' single-cell RNA-seq

対象

日本人健常者:3名

    CD4陽性T細胞:20検体

規模 5' and 3' single-cell RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 全血から単離したCD4陽性T細胞から抽出したpolyA RNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Chromium Next GEM シングルセル5′および3′ kit
断片化の方法 上記キットに準拠
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 350 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000822
総データ量 17.8 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5’ single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq

対象

日本人健常者:3名

    CD4陽性T細胞:9検体

規模 Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5’ single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出したpolyA RNAとゲノムDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

(5′single-nucleus RNA-seq および5′single-cell RNA-seq)

   Chromium Next GEM Single Cell 5′kit

(single-nucleus ATAC-seq および3′single-nucleus RNA-seq)

   Chromium Next GEM Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression Reagent Bundle

断片化の方法 上記キット、プロトコルに準拠
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 300 or 350 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000822
総データ量 17.8 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

CAGE-seq and NET-CAGE-seq

対象

日本人健常者:2名

    CD4陽性T細胞:6検体

規模 CAGE-seq and NET-CAGE-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NextSeq 500]
ライブラリソース 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出したtotal RNAと核RNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) CAGEキット
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) -
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000822
総データ量 17.8 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

MAS-seq

対象

日本人健常者:1名

    CD4陽性T細胞:2検体

規模 MAS-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform PacBio [Sequel Ⅱ]
ライブラリソース 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出したpolyA RNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

MAS-Seq for 10x Single Cell 3’ kit

(TSO PCRプライマーは5' scRNA-seq対応のものに変更している)

断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) -
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000822
総データ量 17.8 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq

対象

日本人健常者:3名

    CD4陽性T細胞:8検体

規模 CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出した細胞表面タンパク質とpolyA RNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Chromium Next GEMシングルセル5′キット 細胞表面蛋白用Feature Barcodeテクノロジー付き
断片化の方法 上記キットに準拠
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 73 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000822
総データ量 17.8 TB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者: 山本 一彦

所 属 機 関: 理化学研究所 生命医科学研究センター 自己免疫疾患研究チーム

プロジェクト/研究グループ名:-

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(S) 多因子疾患における疾患リスク遺伝子多型を用いた病態解析に関する新しい方法論の確立 18H05285
日本医療研究開発機構(AMED) ワクチン開発のための世界トップレベル研究開発拠点の形成事業 遺伝的多様性と機能に関するマルチオミックスを中心としたヒト免疫評価法の確立と支援の為のサポート機関 JP223fa627010

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases. (Science 2024 in press) JGAD000822
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制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間