NBDC Research ID: hum0350.v1
研究内容の概要
目的：多因子疾患の中で、免疫系が関与する疾病（自己免疫疾患、アレルギー疾患、感染症、癌、移植など）には適切な治療が少ない疾病が多い。この問題を解決し、よりよい治療法を見つけ出すために、ヒト免疫機能の十分な理解と疾患における病態の適切な把握が必要である。本研究では、健常人由来のリンパ球など免疫担当細胞を対象としたオミックス解析と遺伝子多型解析をベースにした新しい疾病研究の方法論を確立し、病態の理解と創薬の標的確定に重要な情報を蓄積する。そのための基盤データとして、健常人における免疫担当細胞のそれぞれのサブセットにおける、遺伝子発現を中心としたオミックス解析を遂行する。
方法： 健常者3名の全血から単離したCD4陽性T細胞から抽出したRNAまたはDNAに対して5' single-cell RNA-seq、3' single-cell RNA-seq、Micro-C、Region Capture Micro-C、CITE-seq、Multimodal assay（single-nucleus ATAC-seq、 3' and 5’ single-nucleus RNA-seq、 5' single-cell RNA-seq）、MAS-seq、CAGE-seq、NET-CAGE-seq を実施した。CRISPR-activated Jurkat cellsから抽出したRNAに対してCAGE-seq を実施した。
対象： 日本人健常者3名（男性1名、女性2名）、CRISPR-activated Jurkat cells
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
|
JGAS000689 E-GEAD-740 E-GEAD-741 E-GEAD-742 E-GEAD-743 E-GEAD-744 E-GEAD-745 E-GEAD-746 |
NGS（Micro-C and Region Capture Micro-C） NGS（CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq） |
制限公開（Type I） 非制限公開 |
2024/06/13 |
|
DRA018405 E-GEAD-739 |
NGS（CAGE-seq [CRISPR-activated Jurkat cells]） | 非制限公開 | 2024/06/13 |
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分子データ
Micro-C and Region Capture Micro-C
| 対象 |
日本人健常者：3名 CD4陽性T細胞：17検体 |
| 規模 | Micro-C and Region Capture Micro-C |
| 対象領域（Target Captureの場合） | Dovetail Target Enrichment Kit (Cantata Bio, human pan promoter panel) |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出したゲノムDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Dovetail Micro-C kit |
| 断片化の方法 | MNase |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 400 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000822 |
| 総データ量 | 17.8 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
日本人健常者：3名 CD4陽性T細胞：20検体 |
| 規模 | 5' and 3' single-cell RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 全血から単離したCD4陽性T細胞から抽出したpolyA RNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM シングルセル5′および3′ kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 350 bp |
| 解析ソフトウェア | Cell Ranger version 5.0.1 |
| リファレンス配列 | GRCh38 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000822 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-741 |
| 総データ量 |
JGAD000822：17.8 TB（fastq） E-GEAD-741：4.6 GB（matrix） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
日本人健常者：3名 CD4陽性T細胞：9検体 |
| 規模 | Multimodal assay including single-nucleus ATAC-seq, 3' and 5’ single-nucleus RNA-seq, and 5' single-cell RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出したpolyA RNAとゲノムDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
（5′single-nucleus RNA-seq および5′single-cell RNA-seq） Chromium Next GEM Single Cell 5′kit （single-nucleus ATAC-seq および3′single-nucleus RNA-seq） Chromium Next GEM Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression Reagent Bundle |
| 断片化の方法 | 上記キット、プロトコルに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 or 350 bp |
| 解析ソフトウェア | Cell Ranger version 5.0.1 |
| リファレンス配列 | GRCh38 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000822 |
| Genomic Expression Archive ID | |
| 総データ量 |
JGAD000822：17.8 TB（fastq） E-GEAD-742：43 GB（tsv） E-GEAD-743：6.8 GB（matrix） E-GEAD-744：2.0 GB（bed、matrix） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
日本人健常者：2名 CD4陽性T細胞：6検体 |
| 規模 | CAGE-seq and NET-CAGE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NextSeq 500] |
| ライブラリソース | 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出したtotal RNAと核RNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | CAGEキット |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | - |
| マッピング方法 | STAR version 2.7.10b |
| リファレンス配列 | hg38 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000822 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-746 |
| 総データ量 |
JGAD000822：17.8 TB（fastq） E-GEAD-746：52 MB（bed） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
日本人健常者：1名 CD4陽性T細胞：2検体 |
| 規模 | MAS-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | PacBio [Sequel Ⅱ] |
| ライブラリソース | 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出したpolyA RNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
MAS-Seq for 10x Single Cell 3’ kit （TSO PCRプライマーは5' scRNA-seq対応のものに変更している） |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | - |
| 解析ソフトウェア | CCS software version 6.3.0、SMRT Link version 12、Stringtie2 version 2.2.1 |
| リファレンス配列 | hg38 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000822 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-745 |
| 総データ量 |
JGAD000822：17.8 TB（fastq） E-GEAD-745：14 MB（GTF） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq
| 対象 |
日本人健常者：3名 CD4陽性T細胞：8検体 |
| 規模 | CITE-seq and 5' single-cell RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 全血から分離したCD4陽性T細胞から抽出した細胞表面タンパク質とpolyA RNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEMシングルセル5′キット 細胞表面蛋白用Feature Barcodeテクノロジー付き |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 73 bp |
| 解析ソフトウェア | Cell Ranger version 5.0.1 |
| リファレンス配列 | GRCh38 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000822 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-740 |
| 総データ量 |
JGAD000822：17.8 TB（fastq） E-GEAD-740：3.4 GB（bed、matrix） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
CAGE-seq（CRISPR-activated Jurkat cells）
| 対象 |
CRISPR-activated Jurkat cells：15検体 |
| 規模 | CAGE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | CRISPR-activated Jurkat cellsから抽出したtotal RNA |
| 検体情報（購入の場合） | RIKEN BRC RCB0806 |
| ライブラリ作製方法（キット名） | CAGEキット |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | - |
| マッピング方法 | STAR version 2.7.10b |
| リファレンス配列 | hg38 |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA018405 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-739 |
| 総データ量 |
DRA018405：292 GB（fastq） E-GEAD-739：424 MB（bed） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 山本 一彦
所 属 機 関： 理化学研究所 生命医科学研究センター 自己免疫疾患研究チーム
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（S） | 多因子疾患における疾患リスク遺伝子多型を用いた病態解析に関する新しい方法論の確立 | 18H05285 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） ワクチン開発のための世界トップレベル研究開発拠点の形成事業 | 遺伝的多様性と機能に関するマルチオミックスを中心としたヒト免疫評価法の確立と支援の為のサポート機関 | JP223fa627010 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases. (Science 2024 in press) | JGAD000822 DRA018405 E-GEAD-739 E-GEAD-740 E-GEAD-741 E-GEAD-742 E-GEAD-743 E-GEAD-744 E-GEAD-745 E-GEAD-746 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
