NBDC Research ID: hum0345.v1
研究内容の概要
目的：リンパ球系および樹状細胞の分化経路およびそのメカニズムをヒト臍帯血を用いて解明する
方法：臍帯血中のCD34陽性細胞、あるいは、CD34陽性細胞中のリンパ球系分画をソート後にストローマ細胞と共培養し、抽出したRNA/DNAを用いたsingle cell RNA-seqおよびATAC sequence解析。
対象： 健常者の正常分娩後、臍帯より臍帯血 30～50 ml を採取し、２日以内にCD34 陽性細胞を分離・保存する。
・研究協力者2名の臍帯血を混合後ソートしたCD34陽性細胞から抽出したDNA/RNA
・研究協力者30名分の臍帯血を混合後ソートしたCD10SP細胞から抽出したRNA
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
|
JGAS000528 JGAS000551 |
制限公開（Type I） | 2022/08/05 |
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分子データ
| 対象 | 健常者：30名（１．についてはATAC-seqも実施） |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース |
以下の臍帯血から分取したCD34 陽性細胞およびリンパ系分画から抽出したRNA １．健常者2名の臍帯血を混合し単離したCD34陽性細胞 ２．健常者30名の臍帯血を混合し単離したCD10SP細胞 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
１．Chromium Next GEM Single Cell Multiome ATAC ＋ Gene Expression（10x Genomics） ２．10X Genomics Chromium |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
１．118 bp ２．300-500 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | |
| 総データ量 |
１．76.6 GB（fastq） ２．41.9 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常者：2名（scRNA-seqも実施） |
| 規模 | ATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 健常者2名の臍帯血を混合し単離したCD34陽性細胞から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell Multiome ATAC ＋ Gene Expression（10x Genomics） |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 99 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000647 |
| 総データ量 | 76.6 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）『生命科学系３分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（「ゲノム支援」）による支援を受けました。
提供者情報
研究代表者： 大石 晃嗣
所 属 機 関： 三重大学医学部附属病院 輸血・細胞治療部
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 新規培養法を用いたヒトリンパ球系分化制御および腫瘍化の分子遺伝学的研究 | 18K08322 |
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 16H06279 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|
