NBDC Research ID: hum0338.v1
研究内容の概要
目的： 2014年がんゲノムアトラス（The Cancer Genome Atlas：TCGA）を皮切りに、アジアがん研究グループ（Asian Cancer Research Group：ACRG）や東アジアの研究グループより全ゲノムシーケンスを含む複数の進行胃がんに関する報告があり、網羅的・包括的なゲノム解析データが集積・公開され、利用可能な状態になっている。ピロリ菌感染と付随する炎症は加齢と並んで胃がんの重要なリスク因子であり、ほとんどの胃がん患者でピロリ感染の痕跡が見られる。しかし、若年性でピロリ陰性の胃がんも少数存在し、そのような患者のゲノムプロファイルの詳細は不明である。本研究は、加齢やピロリ感染といった通常の胃がんの発がんに強く関与する因子を持たない患者集団に絞り、新たな発がん及びがんの進展の本質をなす分子異常の解明と新規治療標的の探索を行うことを目的とする。さらに、治療標的候補が同定された際には、in vitro, vivoで機能解析や生物学的意義を検証する。
方法： Whole Exome Sequencing解析
対象： ピロリ菌未感染胃がん：27症例、ピロリ菌感染胃がん：36症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000575 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2022/11/22 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 |
ピロリ菌未感染胃がん（ICD10：C169）：27症例 腫瘍組織：27検体、非腫瘍組織：27検体 ピロリ菌感染胃がん（ICD10：C169）：36症例 腫瘍組織：36検体、非腫瘍組織：36検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V4 + lincRNA、SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris E220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000701 |
| 総データ量 | 3.8 TB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 森 誠一
所 属 機 関： がん研究会 がんプレシジョン医療研究センター 次世代がん研究シーズ育成プロジェクト
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 武田薬品ジャパンメディカルオフィス研究助成金 | ||
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Genomic features of Helicobacter pylori-naïve diffuse-type gastric cancer | doi: 10.1002/path.6000 | JGAD000701 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
