NBDC Research ID: hum0320.v1
研究内容の概要
目的： 悪性腫瘍を有する患者における末梢血や腫瘍組織等での種々の免疫担当細胞や免疫担当因子などを解析し、その免疫学的状態を明らかにする。副次的に免疫状態と臨床病理学的特徴、分子生物学的特徴、治療効果や予後との関連について検討する。
方法： 免疫担当細胞（CD4/CD8T細胞、抗原提示細胞、制御性T細胞、 MDSC、自然リンパ球など）におけるCD4, CD8, FoxP3, CD25, CD45RA, CTLA-4, PD-1, ICOS, BTLA, Tim-3, LAG3, CCR7などの分子発現について、シングルセルシークエンスを用いた免疫フェノタイプ解析を実施した。併せて、免疫細胞のT-cell receptor（TCR）の解析を実施した。
対象： 肺腺がん2症例および頭頸部がん3症例（腫瘍組織1検体、リンパ節1検体、末梢血1検体、計15検体）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000480 | NGS（scRNA-seq、TCR-seq） | 制限公開（Type I） | 2022/01/25 |
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分子データ
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：2症例 頭頸部がん（ICD10：C760）：3症例 腫瘍組織、リンパ節、末梢血：各1検体 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | MGI [DNBSEQ-G400] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織、リンパ節、末梢血から単離したT細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 5' Reagent Kits v2 |
| 断片化の方法 | Hybrid Selection |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000597 |
| 総データ量 | 719.9 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：2症例 頭頸部がん（ICD10：C760）：3症例 腫瘍組織、リンパ節、末梢血：各1検体 |
| 規模 | TCR-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | MGI [DNBSEQ-G400] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織、リンパ節および末梢血から単離したT細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell 5' Reagent Kits v2 |
| 断片化の方法 | Hybrid Selection |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000597 |
| 総データ量 | 719.9 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 冨樫 庸介
所 属 機 関： 千葉県がんセンター研究所
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | がん抗原階層性からの腫瘍浸潤PD-1陽性T細胞の抗腫瘍免疫応答及び抑制能の解明 | 20H03694 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | シングルセルシークエンスによるネオ抗原特異的T細胞の時空間的解析から治療標的・バイオマーカーへの応用 | JP19ck0106521 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | T細胞受容体認識エピトープによる腫瘍浸潤Tリンパ球の次世代解析方法の開発 | JP18cm0106340 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | ゲノム異常を有する腫瘍浸潤リンパ球の1細胞解析方法の開発とその臨床的意義の解明 | JP21cm0106383 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | PD-1 blockade therapy promotes infiltration of tumor-attacking exhausted T cell clonotypes | doi: 10.1016/j.celrep.2022.110331 | JGAD000597 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| Ansuman Satpathy | Department of Pathology, Stanford University | アメリカ合衆国 | Epigenetics of Inflammatory Skin Disorders | JGAD000597 | 2022/07/04-2023/05/31 |
