NBDC Research ID: hum0305.v1
研究内容の概要
目的： 造血細胞移植後2次固形がんは、通常のがんと比較して、固有のゲノム異常プロファイルを有した腫瘍である可能性がある。2次固形がんと通常のがんの検体を対象とした全エクソン配列決定解析を行うことにより、我々の仮説を検証する。
方法： ゲノムDNAは、凍結新鮮検体はQIAamp Fast DNA Tissue kit、FFPE検体はGeneRead DNA FFPE kitを用いて調整した。全エクソームシークエンス（Whole Exome Sequence：WES）解析用のライブラリはTwist社のTwist library preparation kitを用いて作製した。作製したライブラリはIllumina社 Novaseq 6000またはMGI社DNBSEQ-G400でシークエンス解析を行った。
対象： 固形がん14症例の腫瘍組織凍結検体14検体、および、ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）14検体
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000377 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2021/11/29 |
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分子データ
| 対象 |
固形がん（舌がん [ICD10：C02.9]、大腸がん [ICD10：C18.9]）：14症例 28検体 （腫瘍組織の凍結検体とFFPE検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
Illumina [NovaSeq 6000] MGI [DNBSEQ-G400] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織の凍結検体とFFPE検体から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Twist library preparation kit |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000491 |
| 総データ量 | 288.4 GB（bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy および 民間企業における利用禁止 |
提供者情報
研究代表者： 稲本 賢弘
所 属 機 関： 国立がん研究センター中央病院 造血幹細胞移植科
プロジェクト/研究グループ名： 造血細胞移植後2次固形がんのゲノム解析
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | ゲノム解析に基づいた造血細胞移植後2次固形がん最適個別化医療の実現 | JP20ck0106539 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | MicroSEC filters sequence errors for formalin-fixed and paraffin-embedded samples | doi: 10.1038/s42003-021-02930-4 | JGAD000491 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
