NBDC Research ID: hum0294.v1
研究内容の概要
目的： ｢切除不能局所進行食道扁平上皮癌を対象とした化学放射線療法後の逐次治療としてのアテゾリズマブ単独療法の安全性及び有効性を検討する多施設共同第Ⅱ相臨床相試験｣に付随するバイオマーカーの探索研究（通称：TENERGY-TR）に参加した食道がん患者の治療前の腫瘍と正常細胞のwhole exome sequencing（WES）解析と、治療前、放射線化学療法後、アテゾリズマブ投与後の3点の腫瘍生検検体のRNA-seq解析を実施し、治療効果予測バイオマーカー探索につなげること
方法： 各時点で取得した凍結腫瘍サンプルまたは血液サンプルを対象に、AllPrep DNA/RNA Mini kit（Qiagen）を用いてDNA/RNAを抽出し、WESならびにRNA-seq解析を実施した。
対象： TENERGY-TRに参加した食道がん28症例。
- WES：治療前の腫瘍組織（27検体）と正常組織（27検体）のペア、
- RNA-seq：治療前（28検体）、放射線化学療法後（25検体）、アテゾリズマブ投与後（25検体）の3点の腫瘍生検検体
URL： https://doi.org/10.1186/s12885-020-06716-5
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000708 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2024/05/29 |
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分子データ
| 対象 |
食道がん（ICD10：C159）：27症例 治療前の腫瘍組織：27検体 非腫瘍組織（血液）：27検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織（血液）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V6 |
| 断片化の方法 | |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 151 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000841 |
| 総データ量 | 974.9 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
食道がん（ICD10：C159）：28症例 治療前の腫瘍組織：28検体 放射線化学療法後の腫瘍組織：25検体 アテゾリズマブ投与後の腫瘍組織：25検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq RNA Access Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000841 |
| 総データ量 | 974.9 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 熊谷 尚悟
所 属 機 関： 国立がん研究センター 先端医療開発センター 免疫トランスレーショナル分野
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | 切除不能局所進行食道扁平癌を対象とした化学放射線療法後の逐次治療としての抗PD-1抗体薬療法の安全性・有効性・proof-of-concept (POC)を検討する多施設共同臨床第Ib/II相試験 | JP21ck0106420 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Atezolizumab monotherapy following dCRT indicated a promising cCR rate in patients with unresectable locally advanced esophageal squamous cell carcinoma (EPOC1802) | JGAD000841 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
