NBDC Research ID: hum0292.v1
研究内容の概要
目的： 血中遊離DNA（cell free DNA：cfDNA）および血中循環腫瘍細胞（circulating tumor cells：CTC）のゲノム解析に基づく、去勢抵抗性前立腺がん（castration-resistant prostate cancer：CRPC）に対する各種薬剤（アビラテロン、エンザルタミド、ドセタキセル、カバジタキセル）効果予測システムの開発
方法： アビラテロンまたはエンザルタミド投与前のCRPC患者100名を国内17施設で集積。薬剤投与前採血より、cfDNAと白血球からDNAを抽出。DNA断片に分子バーコードを付加した上でシークエンスライブラリを作成し、Illumina NovaSeqを用いてターゲットシークエンス（88遺伝子のエクソン領域を対象）を行った。
対象： アビラテロンまたはエンザルタミド投与前の去勢抵抗性前立腺がん患者100名
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000330 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2021/09/24 |
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分子データ
| 対象 | アビラテロンまたはエンザルタミド投与前の去勢抵抗性前立腺がん（ICD10：C61）：100症例 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 88遺伝子 |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 末梢血から抽出したcfDNAおよび白血球DNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | ThruPLEX tag-seq、KAPA HyperChoice Probes |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000441 |
| 総データ量 | 1.8 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 赤松 秀輔
所 属 機 関： 京都大学大学院医学研究科 泌尿器科学
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 血中遊離DNA解析を応用した前立腺癌のDNA修復遺伝子異常の生物学的特性の解明 | 20H03814 |
| アストラゼネカ Externally Sponsored Researchプログラム | 日本人前立腺癌患者におけるDNA修復遺伝子の生殖細胞系列・体細胞変異の頻度 | ESR I: NCR-17-13159 |
| アステラス 研究助成金 | 去勢抵抗性前立腺癌生検組織を用いたエンザルタミド治療効果予測因子の検討 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Clinical Impact of Detecting Low-Frequency Variants in Cell-Free DNA on Treatment of Castration-Resistant Prostate Cancer | doi: 10.1158/1078-0432.CCR-21-2328 | JGAD000441 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
