NBDC Research ID: hum0290.v2
研究内容の概要
目的： 柏の葉地域に在勤・在住の健常者を対象としたゲノムコホート研究を通じ、より安心で快適な生活環境の実現、創薬研究・個別化医療の発展に向けた基盤構築
方法： 血液試料を用いたwhole genome aequencing解析、scRNA-seq解析、TCR-seq解析、BCR-seq解析、CyTOF解析、scATAC-seq解析、Olink解析、メチル化解析
対象： 柏の葉地域に在勤・在住の18歳以上の健常者
URL： https://kero.hgc.jp/longread_viewer/single_cell/open/
https://kero.hgc.jp/longread_viewer/single_cell/open/data/Expression/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000321 | 制限公開（Type I） | 2022/03/07 | |
| JGAS000637 | 制限公開（Type I） | 2025/06/06 | |
| E-GEAD-1053 | NGS（scRNA-seq、scATAC-seq） | 非制限公開 | 2025/06/06 |
| E-GEAD-1058 | CyTOF | 非制限公開 | 2025/06/06 |
| E-GEAD-1059 | Olink | 非制限公開 | 2025/06/06 |
| E-GEAD-1060 | メチル化アレイ | 非制限公開 | 2025/06/06 |
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※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、 NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞 (Acknowledgement)に記載して下さい。記載例はこちら。
分子データ
| 対象 | 健常者：2名（2検体） |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
Illumina [NovaSeq 6000] Nanopore [PromethION] |
| ライブラリソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
Illumina：TruSeq DNA Nano kit Nanopore：SQK-LSK109 Kit |
| 断片化の方法 |
Illumina：超音波断片化 （Covaris） Nanopore：- |
| ライブラリ構築方法 |
Illumina：Paired-end Nanopore：Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
Illumina: 300 bp Nanopore: - |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000432 |
| 総データ量 | 2.2 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常者：7名（57検体） |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | 10x Genomics [Chromium Controller] |
| ライブラリソース | 末梢血より単離した細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell V(D)J Reagent Kits v1.1 （10x Genomics） |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 91 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000432 |
| 総データ量 | 2.2 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常者：7名（57検体） |
| 規模 | TCR-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | 10x Genomics [Chromium Controller] |
| ライブラリソース | 末梢血より単離した細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell V(D)J Reagent Kits v1.1 （10x Genomics） |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 91 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000432 |
| 総データ量 | 2.2 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常者：7名（35検体） |
| 規模 | BCR-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | 10x Genomics [Chromium Controller] |
| ライブラリソース | 末梢血より単離した細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell V(D)J Reagent Kits v1.1 （10x Genomics） |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 91 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000432 |
| 総データ量 | 2.2 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常者：6名（30検体） |
| 規模 | CyTOF® Mass Cytometry |
| 対象領域 | 免疫応答に関する30蛋白質 |
| Platform（ハードウェア） | Fluidigm [Helios, a CyTOF System] |
| ソース | 末梢血から単離した細胞 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 試薬 | Maxper Direct Immune Profiling Assay, 30 Marker - 25 test （Cat. #201325） |
| パラメータ | 30 |
| 検出・定量解析ソフトウェア | Maxpar Pathsetter （Cat. #401018） |
| 実験期間 | 2020/11/1 - 2021/7/31 |
| 実験変数 | 個別変異、ワクチン接種後、ワクチンの種類（インフルエンザ、SARS-CoV-2） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000432 |
| 総データ量 | 2.2 TB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常者：51名（51検体） |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | MGI [DNBSEQ-T7] |
| ライブラリソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | MagAttract HMW DNA Kit、TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000767 |
| 総データ量 | 12.876 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
scRNA-seq、scATAC-seq（JGAS000637 / E-GEAD-1053）
| 対象 | 健常者：94名（125検体） |
| 規模 | scRNA-seq、scATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000/X] |
| ライブラリソース | 末梢血より単離した細胞から抽出したDNAおよびRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Next GEM Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） |
scRNA-seq：118bp scATAC-seq：99bp |
| 解析ソフトウェア | CellRanger-arc（ver2.0.0） |
| リファレンス配列 | refdata-GRCh38-1.0.0. |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000767 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-1053 |
| 総データ量 |
JGAD000767：12.876 TB（fastq） E-GEAD-1053：300 GB（txt, tsv） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
CyTOF（JGAS000637 / E-GEAD-1058）
| 対象 | 健常者：43名（43検体） |
| 規模 | CyTOF® Mass Cytometry |
| 対象領域 | 免疫応答に関する30蛋白質 |
| Platform（ハードウェア） | Fluidigm [Helios, a CyTOF System] |
| ソース | 末梢血から単離した細胞 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 試薬 | Maxper Direct Immune Profiling Assay, 30 Marker - 25 test （Cat. #201325） |
| パラメータ | 30 |
| 検出・定量解析ソフトウェア | Maxpar Pathsetter （Cat. #401018） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000767 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-1058 |
| 総データ量 |
JGAD000767：12.876 TB（txt） E-GEAD-1058：300 GB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
Olink（JGAS000637 / E-GEAD-1059）
| 対象 | 健常者：35名（35検体） |
| 規模 | タンパク質発現量（タンパク質数 batch1：2941、batch2：2939） |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Olink [Olink Explore 3072] |
| ライブラリソース | 血漿 |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Olink Explore 3072 |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | - |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | - |
| 発現量決定方法（ソフトウェア） | NPX manager |
| 標準化方法 | NPX manager |
| バリデーション方法 | NPX manager |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000767 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-1059 |
| 総データ量 |
JGAD000767：12.876 TB（txt, csv） E-GEAD-1059：300 GB（txt, csv） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
メチル化アレイ（JGAS000637 / E-GEAD-1060）
| 対象 | 健常者：51名（88検体） |
| 規模 | メチル化アレイ |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Infinium MethylationEPIC] |
| ソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | EZ DNA Methylation™ Kit、Infinium® Human Methylation 450K BeadChip kit |
| メチル化率決定アルゴリズム（ソフトウェア） | iScan system、GenomeStudio Software |
| フィルタリング | - |
| マイクロアレイ標準化方法 | - |
| プローブ数 | 865,918 プローブ |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000767 |
| Genomic Expression Archive ID | E-GEAD-1060 |
| 総データ量 |
JGAD000767：12.876 TB（txt） E-GEAD-1060：300 GB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 鈴木 穣
所 属 機 関： 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 生命システム観測分野
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| JST Moonshot R&D – MILLENNIA Program | ウイルス-人体相互作用ネットワークの理解と制御 | JPMJMS2025 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Intensive Single Cell Analysis Reveals Immune Cell Diversity among Healthy Individuals | doi: 10.26508/lsa.202201398 | JGAD000432 |
| 2 | Multimodal single-cell analyses of peripheral blood mononuclear cells of COVID-19 patients in Japan | doi: 10.1038/s41598-023-28696-9 | JGAD000432 |
| 3 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
