NBDC Research ID: hum0287.v3

 

研究内容の概要

目的: ヒトiPS細胞株のゲノム配列比較

方法: ヒトiPS細胞株からゲノムDNAを抽出し、全ゲノム配列解析を行った。

対象: ヒトiPS細胞株5+1+1株

 

データID内容制限公開日
JGAS000310 NGS(WGS) 制限公開(Type I) 2021/11/02
JGAS000573 NGS(WGS) 制限公開(Type I) 2023/03/29
JGAS000690 NGS(WGS) 制限公開(Type I) 2024/05/01

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分子データ

JGAS000310

対象 ヒトiPS細胞株:5株
規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq X]
ライブラリソース iPS細胞から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq DNA PCR Free(350)
断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000421
総データ量 343 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

JGAS000573

対象

ヒトiPS細胞株:1株

    AGVTノックイン株(AG: TFAP2C-EGFP; VT: hVASA-tdTomato knock-ins)*1, *2

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Nanopore [PromethION]
ライブラリソース iPS細胞から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

Ligation Sequencing Kit(SQK-LSK110)(run1)

Ultra-Long Sequencing Kit(SQK-ULK001)(run2)

断片化の方法 トランスポゼースを用いた断片化
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) N50 = 6.7 kb(run1)、110 kb(run2)
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000699
総データ量 89.8 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

JGAS000690

対象

ヒトiPS細胞株:1株

    AGVTノックイン株(AG: TFAP2C-EGFP; VT: hVASA-tdTomato knock-ins)*1, *2

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Nanopore [PromethION]
ライブラリソース iPS細胞から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) RxCell社から有償提供されたヒトiPS細胞株(NCL-CN)
ライブラリ作製方法(キット名) Ultra-Long DNA Sequencing Kit(SQK-ULK001)(run1、run2)
断片化の方法 トランスポゼースを用いた断片化
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) N50 = 80.7 kb(run1)、96.3 kb(run2)
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000823
総データ量 83.2 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

*1: doi:10.1126/science.aat1674

*2: doi:10.15252/embj.2020104929

 

提供者情報

研究代表者: 横林 しほり

所 属 機 関: 京都大学 iPS細胞研究所 / 医学研究科 機能微細形態学

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型) エピゲノムリプログラミング過程のゆらぎに関わるクロマチン高次動態の解明 20H05387
科学研究費助成事業 基盤研究(B) 哺乳類始原生殖細胞におけるクロマチン高次構造と核内動態変化の分子的理解 18H02613
科学研究費助成事業 特別推進研究 試験管内再構成系に基づくヒト卵母細胞発生機構の解明とその応用 22H04920

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Inherent genomic properties underlie the epigenomic heterogeneity of human induced pluripotent stem cells doi: 10.1016/j.celrep.2021.109909 JGAD000421
2 Induction of fetal meiotic oocytes from embryonic stem cells in cynomolgus monkeys doi: 10.15252/embj.2022112962 JGAD000699
3

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間