NBDC Research ID: hum0287.v3
研究内容の概要
目的： ヒトiPS細胞株のゲノム配列比較
方法： ヒトiPS細胞株からゲノムDNAを抽出し、全ゲノム配列解析を行った。
対象： ヒトiPS細胞株5＋1＋1株
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000310 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2021/11/02 |
| JGAS000573 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2023/03/29 |
| JGAS000690 | NGS（WGS） | 制限公開（Type I） | 2024/05/01 |
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分子データ
| 対象 | ヒトiPS細胞株：5株 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X] |
| ライブラリソース | iPS細胞から抽出したgDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq DNA PCR Free（350） |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000421 |
| 総データ量 | 343 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ヒトiPS細胞株：1株 AGVTノックイン株（AG: TFAP2C-EGFP; VT: hVASA-tdTomato knock-ins）*1, *2 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Nanopore [PromethION] |
| ライブラリソース | iPS細胞から抽出したgDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
Ligation Sequencing Kit（SQK-LSK110）（run1） Ultra-Long Sequencing Kit（SQK-ULK001）（run2） |
| 断片化の方法 | トランスポゼースを用いた断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | N50 = 6.7 kb（run1）、110 kb（run2） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000699 |
| 総データ量 | 89.8 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ヒトiPS細胞株：1株 AGVTノックイン株（AG: TFAP2C-EGFP; VT: hVASA-tdTomato knock-ins）*1, *2 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Nanopore [PromethION] |
| ライブラリソース | iPS細胞から抽出したgDNA |
| 検体情報（購入の場合） | RxCell社から有償提供されたヒトiPS細胞株（NCL-CN） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Ultra-Long DNA Sequencing Kit（SQK-ULK001）（run1、run2） |
| 断片化の方法 | トランスポゼースを用いた断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | N50 = 80.7 kb（run1）、96.3 kb（run2） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000823 |
| 総データ量 | 83.2 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
*1: doi:10.1126/science.aat1674
*2: doi:10.15252/embj.2020104929
提供者情報
研究代表者： 横林 しほり
所 属 機 関： 京都大学 iPS細胞研究所 / 医学研究科 機能微細形態学
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究（研究領域提案型） | エピゲノムリプログラミング過程のゆらぎに関わるクロマチン高次動態の解明 | 20H05387 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 哺乳類始原生殖細胞におけるクロマチン高次構造と核内動態変化の分子的理解 | 18H02613 |
| 科学研究費助成事業 特別推進研究 | 試験管内再構成系に基づくヒト卵母細胞発生機構の解明とその応用 | 22H04920 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Inherent genomic properties underlie the epigenomic heterogeneity of human induced pluripotent stem cells | doi: 10.1016/j.celrep.2021.109909 | JGAD000421 |
| 2 | Induction of fetal meiotic oocytes from embryonic stem cells in cynomolgus monkeys | doi: 10.15252/embj.2022112962 | JGAD000699 |
| 3 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
