NBDC Research ID: hum0286.v2
研究内容の概要
目的： 非ウイルス性肝細胞がんの腫瘍免疫微小環境におけるがん細胞と免疫細胞の相互作用を解明すること
方法： Visium空間的遺伝子発現解析、Target Capture Sequencing解析
対象： Visium空間的遺伝子発現解析：脂肪を含む肝細胞がん（hepatocellular carcinoma：HCC）検体#1、脂肪を含むHCCの非腫瘍組織#2、脂肪を含むHCCの腫瘍検体#3、脂肪を含まないHCCの腫瘍組織#4。＃１と＃２は同一症例由来の検体。
Target Capture Sequencing解析：肝細胞がん55症例
URL： https://www.med.osaka-u.ac.jp/activities/results/2022year/takehara2022-5-16
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000311 | NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像 | 制限公開（Type I） | 2022/09/12 |
| JGAS000523 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2022/11/15 |
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分子データ
| 対象 |
肝細胞がん（ICD10：C220）：3症例 脂肪を含むHCC：2検体 脂肪を含むHCCの非腫瘍組織：1検体 脂肪を含まないHCC：1検体 |
| 規模 | Visium Spatial Gene Expression、病理画像 |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | HCCおよび非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Visium Spatial Gene Expression Reagent Kits （10X Genomics） |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 118 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000422 |
| 総データ量 | 131.7 GB（fastq、tif、tsv） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
肝細胞がん（ICD10：C220）：55症例 腫瘍組織：55検体、非腫瘍組織：55検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | TERT遺伝子プロモータ領域＋69遺伝子のエクソン領域 |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion Proton] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Ion AmpliSeq Library Kit Plus、Ion AmpliSeq Kit for Chef DL8 |
| 断片化の方法 | PCR |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 220 bp |
| マッピング方法 | BWA |
| マッピングクオリティ | Qscore >=20 |
| マッピングの際のリファレンス配列 | GRCh38 |
| 平均カバー率（Depth） | 腫瘍組織：2000、非腫瘍組織：1000 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000642 |
| 総データ量 | 109.4 GB （bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）『生命科学系３分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（「ゲノム支援」）による支援を受けました。
提供者情報
研究代表者： 小玉 尚宏
所 属 機 関： 大阪大学大学院医学系研究科消化器内科学教室
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 16H06279 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Multiomics identifies the link between intratumor steatosis and the exhausted tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma | doi: 10.1002/hep.32573 | JGAD000422 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
