研究内容の概要

目的： 非ウイルス性肝細胞がんの腫瘍免疫微小環境におけるがん細胞と免疫細胞の相互作用を解明すること

方法： Visium空間的遺伝子発現解析

対象： 脂肪を含む肝細胞がん（hepatocellular carcinoma：HCC）検体^#1、脂肪を含むHCCの非腫瘍組織^#2、脂肪を含むHCCの腫瘍検体^#3、脂肪を含まないHCCの腫瘍組織^#4。＃１と＃２は同一症例由来の検体。

URL： https://www.med.osaka-u.ac.jp/activities/results/2022year/takehara2022-5-16

データID	内容	制限	公開日
JGAS000311	NGS（Visium Spatial Gene Expression）、病理画像	制限公開（Type I）	2022/09/12

※リリース情報はこちら

※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。

分子データ


対象	肝細胞がん（ICD10：C220）：3症例脂肪を含むHCC：2検体脂肪を含むHCCの非腫瘍組織：1検体脂肪を含まないHCC：1検体
規模	Visium Spatial Gene Expression、病理画像
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース	HCCおよび非腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	Visium Spatial Gene Expression Reagent Kits （10X Genomics）
断片化の方法	酵素反応
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	118 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID	JGAD000422
総データ量	131.7 GB（fastq、tif、tsv）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）『生命科学系３分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（「ゲノム支援」）による支援を受けました。

研究代表者： 小玉尚宏

所属機関： 大阪大学大学院医学系研究科消化器内科学教室

プロジェクト/研究グループ名：-

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
科学研究費助成事業新学術領域研究	先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム	16H06279

	タイトル	DOI	データID
1	Multiomics identifies the link between intratumor steatosis and the exhausted tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma	doi: 10.1002/hep.32573	JGAD000422
2

研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	利用データID	利用期間