NBDC Research ID: hum0272.v3
研究内容の概要
目的： メラノーマなどの皮膚腫瘍検体を用いた、がん細胞や免疫細胞などの遺伝子発現、体細胞遺伝子変異の解析
方法： whole exome sequencing解析、RNA sequencing解析、scRNA sequencing解析、scTCR sequencing解析、target capture sequencing解析
対象： メラノーマ患者 4＋9例
URL： https://www.m.chiba-u.ac.jp/dept/dermatology/research/res/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000285 | 制限公開（Type I） | 2021/12/20 | |
| JGAS000285（データ追加） | 制限公開（Type I） | 2022/02/07 | |
| JGAS000589 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2024/11/13 |
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分子データ
| 対象 |
メラノーマ（ICD10：C439）：4症例 腫瘍組織から樹立した培養細胞：4症例 4＋1検体 リンパ節：1症例 2検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から樹立した培養細胞および患者リンパ節から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Hybrid Selection |
| 断片化の方法 | Captured / Adaptor ligation |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均 92 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000391 |
| 総データ量 | 99.6＋628.8 GB（bam [ref：hg38]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
メラノーマ（ICD10：C439）：4症例 腫瘍組織から樹立した培養細胞：4症例 4検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織から樹立した培養細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Hybrid Selection |
| 断片化の方法 | Captured / Adaptor ligation |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000391 |
| 総データ量 | 99.6 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
メラノーマ（ICD10：C439）：3症例 腫瘍浸潤リンパ球（TIL）：2症例 3検体 末梢血リンパ球（PBL）：2症例 2検体 リンパ節の腫瘍浸潤リンパ球（LN-TIL）：1症例 2検体 |
| 規模 | scRNA-seq / scTCR-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 腫瘍浸潤リンパ球、末梢血リンパ球およびリンパ節の腫瘍浸潤リンパ球から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Single Cell Immune Profiling Solution Kit |
| 断片化の方法 | Hybrid Selection |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000391 |
| 総データ量 | 628.8 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
メラノーマ（ICD10：C439）：12症例 腫瘍組織：19検体（各症例より1〜2検体） 非腫瘍組織（末梢血）：12検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | Precision ID mtDNA Whole Genome Panel |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion Torrent Proton] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Ion AmpliSeq Library Kit 2.0 |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均 107 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000717 |
| 総データ量 | 11.3 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 猪爪 隆史
所 属 機 関： 千葉大学医学部 皮膚科
プロジェクト/研究グループ名： 皮膚がんに対するより効果的な免疫療法の開発
URL： http://www.m.chiba-u.ac.jp/dept/dermatology/research/res/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 抗PD-1抗体治療の効果を示す直接的バイオマーカーの検索 | 19K08744 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 免疫チェックポイント阻害剤の課題克服を目指した腫瘍特異的T細胞の解析 | 22K08424 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | がん抗原階層性からの腫瘍浸潤PD-1陽性T細胞の抗腫瘍免疫応答及び抑制能の解明 | 20H03694 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | ゲノム異常を有する腫瘍浸潤リンパ球の1細胞解析方法の開発とその臨床的意義の解明 | JP21cm0106383 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | TIGIT/CD155 axis mediates resistance to immunotherapy in patients with melanoma with the inflamed tumor microenvironment | doi: 10.1136/jitc-2021-003134 | JGAD000391 |
| 2 | PD-1 blockade therapy promotes infiltration of tumor-attacking exhausted T cell clonotypes | doi: 10.1016/j.celrep.2022.110331 | JGAD000391 |
| 3 | Mixed Response to Cancer Immunotherapy is Driven by Intratumor Heterogeneity and Differential Interlesion Immune Infiltration | doi: 10.1158/2767-9764.CRC-22-0050 | JGAD000391 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000391 | 2022/12/26-2025/03/31 |
| 山本 拓也 | 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 プレシジョン免疫プロジェクト | 日本 | 新規がん抗原の同定に基づく消化器がんおよび悪性黒色腫（メラノーマ）に対するワクチン開発基盤研究 | JGAD000391 | 2024/11/12-2026/03/31 |
