NBDC Research ID: hum0257.v2

 

研究内容の概要

目的: ヒト膵腫瘍サブタイプの包括的解析

方法: 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドのWhole Exome sequencing、RNA sequencing、ATAC sequencing、ChIP sequencing、およびHi-C解析

対象: 膵管がん、膵管内乳頭粘液性腫瘍(IPMN)

 

データID内容制限公開日
JGAS000263 NGS(ExomeRNA-seq 制限公開(Type I) 2021/12/24
E-GEAD-414 NGS(RNA-seq) 非制限公開 2021/12/24
JGAS000264 NGS(ATAC-seqChIP-seq 制限公開(Type I) 2021/12/24
E-GEAD-416 NGS(ATAC-seq) 非制限公開 2021/12/24
E-GEAD-417 NGS(ChIP-seq) 非制限公開 2021/12/24
JGAS000262 NGS(Hi-C) 制限公開(Type I) 2021/12/24
E-GEAD-415 NGS(Hi-C) 非制限公開 2021/12/24
JGAS000514 NGS(RNA-seqChIP-seqHi-C 制限公開(Type I) 2023/01/10
GSE202023 NGS(ChIP-seq) 非制限公開 2023/01/10

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分子データ

Exome

対象

膵管がん(ICD10:C25.3):10症例

  - 腫瘍組織由来オルガノイド:10検体

膵管内乳頭粘液性腫瘍(ICD10:D13.6):3症例

  - 腫瘍組織由来オルガノイド:3検体

規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect Human All Exon V6 Kit
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp、150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000366
総データ量 121 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

RNA-seq

対象

膵管がん(ICD10:C25.3):10症例

  【JGAD000366/E-GEAD-414】腫瘍組織由来オルガノイド:22検体

  【JGAD000633】1症例の腫瘍組織由来オルガノイド:4検体(HNF1B過剰発現2検体、コントロール2検体)

膵管内乳頭粘液性腫瘍(ICD10:D13.6):5症例

  【JGAD000366/E-GEAD-414】腫瘍組織由来オルガノイド:4検体、傍腫瘍組織由来オルガノイド1検体

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2500、NovaSeq 6000]
ライブラリソース 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) TruSeq RNA sample Preparation KitV2、TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit、TruSeq Stranded mRNA Kit
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp、150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000366

JGAD000633

Genomic Expression Archive ID E-GEAD-414
総データ量

JGAD000366/E-GEAD-414:121 GB(fastq)

JGAD000633:15 GB(fastq)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

ATAC-seq

対象

膵管がん(ICD10:C25.3):17症例

  - 腫瘍組織由来オルガノイド:20検体

膵管内乳頭粘液性腫瘍(ICD10:D13.6):6症例

  - 腫瘍組織由来オルガノイド:4検体、傍腫瘍組織由来オルガノイド:2検体

規模 ATAC-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NextSeq 500]
ライブラリソース 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 50 bp+25 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000367
Genomic Expression Archive ID E-GEAD-416
総データ量 117 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

ChIP-seq

対象

膵管がん(ICD10:C25.3):2症例

  【JGAD000367/E-GEAD-417】腫瘍組織由来オルガノイド:4検体(ChIP2検体+Input2検体)

  【JGAD000633/GSE202023】腫瘍組織由来オルガノイド:6検体(HNF1B過剰発現有無、抗CTCF抗体、抗H3K27Ac抗体、もしくは抗HNF1B抗体による免疫沈降)

規模 ChIP-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NextSeq 500]
ライブラリソース 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したクロマチン免疫沈降DNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Illumina Tagment DNA TDE1 Enzyme and Buffer Kits
断片化の方法 超音波断片化(Bioruptor UCD-250)
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 75 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000367

JGAD000633

Genomic Expression Archive ID E-GEAD-417
Gene Expression Omnibus ID GSE202023
総データ量

JGAD000367/E-GEAD-417:117 GB(fastq)

JGAD000633/GSE202023:10 GB(fastq)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

Hi-C

対象

膵管がん(ICD10:C25.3):2症例

  【JGAD000365】腫瘍組織由来オルガノイド:2検体

  【JGAD000633】各条件につきduplicate:8検体

    - 1症例の腫瘍組織由来オルガノイド:HNF1B過剰発現有無

    - IPMN由来膵管がん1症例のオルガノイド:HNF1Bノックダウン有無

規模 Hi-C
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [NovaSeq 6000]
ライブラリソース 膵腫瘍組織から樹立したオルガノイドより抽出したクロスリンク済みDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Arima Hi-C kit
断片化の方法 制限酵素処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID

JGAD000365

JGAD000633

Genomic Expression Archive ID E-GEAD-415
総データ量

JGAD000365:159 GB(fastq)

JGAD000633:493 GB(fastq)

コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究(研究領域提案型)『生命科学系3分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」(「ゲノム支援」)による支援を受けました。

 

提供者情報

研究代表者: 立石 敬介

所 属 機 関: 東京大学医学部 消化器内科

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 膵癌の包括的理解を目指した細胞間ネットワーク解析 19K08435
科学研究費助成事業 基盤研究(C) クロマチン動態に基づいた膵癌の治療層別化・最適化 21K15966

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 MNX1-HNF1B axis is indispensable for intraductal papillary mucinous neoplasm lineages doi: 10.1053/j.gastro.2021.12.254 JGAD000365
JGAD000366
JGAD000367
E-GEAD-414
E-GEAD-415
E-GEAD-416
E-GEAD-417
2 HNF1B-driven three-dimensional chromatin structure for molecular classification in pancreatic cancers doi: 10.1111/cas.15690 JGAD000633
GSE202023

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
浜田 道昭 早稲田大学 理工学術院 日本 RNA標的創薬データベースの構築 JGAD000366 2022/12/26-2025/03/31
山本 拓也 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 プレシジョン免疫プロジェクト 日本 新規がん抗原の同定に基づく消化器がんおよび悪性黒色腫(メラノーマ)に対するワクチン開発基盤研究 JGAD000366 2024/11/12-2025/09/01