NBDC Research ID: hum0252.v1
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研究内容の概要
目的： 成人T 細胞白血病（ATL）の遺伝子変異と遺伝子発現の解析を通じてATLのリスクバイオマーカーと発症メカニズムを明らかにする。Target capture sequencingを用いて成人T細胞白血病（ATL）の遺伝子変異とクローン構造を解析し、さらにRNA sequencingによって遺伝子変異の生物学的意義を検討する。
方法： Target capture sequencing、RNA sequencing、single cell RNA（scRNA）sequencing
対象： ATL6症例、及びHTLV-1感染者10症例の感染細胞分画及び非感染細胞分画、並びに健常者3名のCD4+T細胞（Lonzaからの購入検体）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000301 | NGS（Target Capture、RNA-seq、scRNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/07/12 |
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分子データ
| 対象 |
ATL（ICD10：C915）：6症例 （感染細胞分画：19検体、非感染細胞分画：7検体） HTLV-1感染者：10症例（2症例はATL発症後の検体を含む） （感染細胞分画：20検体、非感染細胞分画：10検体） |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | ATLリスク50遺伝子を含む280遺伝子 |
| Platform | Illumina [HiSeq 3000] |
| ライブラリソース | ATL患者及びHTLV-1感染者末梢血の感染細胞分画及び非感染細胞分画から抽出したDNA（CD4+ T細胞、PBMC） |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Target Enrichment System |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 200 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000412 |
| 総データ量 | 585.8 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ATL（ICD10：C915）：4症例 （感染細胞分画：6検体、非感染細胞分画：2検体） 健常者：3名（セルライン） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | ATL患者末梢血の感染細胞分画、及び、非感染細胞分画、並びに健常者のCD4+T細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | ヒト末梢血CD4+T細胞（Lonza Catalog #: 2W-200） |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext UltraTM RNA Library Prep Kit for Illumina |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠（化学反応[Mg2+、熱処理]） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000412 |
| 総データ量 | 585.8 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ATL（ICD10：C915）：1症例（2点） （感染細胞分画：4検体、非感染細胞分画：2検体） |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500/3000] |
| ライブラリソース | ATL患者末梢血の感染細胞分画、及び、非感染細胞分画のCD4+T細胞（シングルセル）から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Single Cell 3’ Library v2 kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠（酵素反応） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 124 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000412 |
| 総データ量 | 585.8 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 山岸 誠
所 属 機 関： 東京大学大学院 新領域創成科学研究科
プロジェクト/研究グループ名：
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 松岡 雅雄 | 熊本大学大学院生命科学研究部 | 日本 | 悪性リンパ腫、成人T細胞白血病・リンパ腫の遺伝・病理学的検討を用いた特性および経過・治療に関する後方視的観察研究 | JGAD000412 | 2022/05/16-2030/03/31 |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000412 | 2022/12/26-2025/03/31 |
