NBDC Research ID: hum0243.v1
研究内容の概要
目的： ヒト免疫系を構築したヒト化マウスを用いた免疫細胞の機能の検証
方法： RNA sequencingやCap Analysis Gene Expression（CAGE）sequencingによる遺伝子発現解析
対象： ヒト急性骨髄性白血病116症例の患者末梢血もしくは骨髄液、患者検体を移植し白血病を発症したマウスの骨髄液もしくは脾臓細胞から得られたヒト白血病細胞（193サンプル）（RNA-seqは114症例166サンプル、CAGE-seqは27症例27サンプル、25症例が重複）、ならびに、臍帯血バンクに登録されている24検体から得られた細胞（44サンプル）
URL： http://www.riken.jp/research/labs/ims/hum_dis_model/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000253 | NGS（RNA-seq、CAGE-seq） | 制限公開（Type I） | 2020/11/20 |
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分子データ
| 対象 |
ヒト急性骨髄性白血病（ICD10：C920）：114症例166検体 臍帯血24検体から得られた細胞：44検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | ヒト急性骨髄性白血病の患者末梢血もしくは骨髄液、患者検体を移植し白血病を発症したマウスの骨髄液もしくは脾臓細胞から得られたヒト白血病細胞、および臍帯血から得られた細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） |
https://www.bs.jrc.or.jp/ktks/bbc/special/m6_03_00_index.html |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEXT Ultra DNA Library Prep kit for Illumina |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 50 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000356 |
| 総データ量 | 152 GB（fastq、bed [ref：GRCh38]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | ヒト急性骨髄性白血病（ICD10：C920）：27症例27検体（25症例はRNA-seqと重複） |
| 規模 | CAGE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | ヒト急性骨髄性白血病の患者末梢血もしくは骨髄液、患者検体を移植し白血病を発症したマウスの骨髄液もしくは脾臓細胞からえられたヒト白血病細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Low Quantity single strand CAGE protocol *1（See also: https://www.protocols.io/view/low-quantity-single-strand-cage-protocol-10bbwkipcw） |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 47 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000356 |
| 総データ量 | 152 GB（fastq、bed [ref：GRCh38]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
*1 M. S. Morioka et al., Cap Analysis of Gene Expression (CAGE): A Quantitative and Genome-Wide Assay of Transcription Start Sites. Methods Mol Biol 2120, 277-301 (2020).
提供者情報
研究代表者： 石川 文彦
所 属 機 関： 理化学研究所統合生命医科学センター・ヒト疾患モデル研究チーム
プロジェクト/研究グループ名： 白血病再発克服プロジェクト
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 2 | Combined inhibition of XIAP and BCL2 drives maximal therapeutic efficacy in genetically diverse aggressive Acute Myeloid Leukemia | doi: 10.1038/s43018-021-00177-w | JGAD000356 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| Jinyan Huang | Zhejiang University School of Medicine | Comprehensive analysis of alternative splicing in malignant tumors | JGAD000356 | 2022/03/07-2024/01/01 | |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000356 | 2022/12/26-2025/03/31 |
