NBDC Research ID: hum0236.v1
研究内容の概要
目的： 非小細胞肺がんにおける異常スプライシングアイソフォームとネオ抗原候補の同定
方法： ロングリードシークエンサー（MinION）により、がんに発現する転写産物の全長を同定した。また、ショートリードシークエンサーによるRNA sequence、whole exome sequenceデータと組み合わせ、異常転写産物から生じるネオ抗原候補を同定した。
対象： 非小細胞肺癌臨床検体（7例、非腫瘍組織と腫瘍組織のペア）
URL： http://kero.hgc.jp/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000245 | 制限公開（Type I） | 2020/12/14 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 |
非小細胞肺がん（ICD10：C349）：7症例 腫瘍組織：7検体 非腫瘍組織：7検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 手術切除切片の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V5 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 75 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000345 |
| 総データ量 | 249 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
非小細胞肺がん（ICD10：C349）：7症例 腫瘍組織：7検体 非腫瘍組織：7検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Nanopore［MinION］ |
| ライブラリソース | 手術切除切片の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SQK-LSK308 |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | cDNA全長（全サンプルの平均リード長：1614 bp） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000345 |
| 総データ量 | 249 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
非小細胞肺がん（ICD10：C349）：7症例 腫瘍組織：7検体 非腫瘍組織：7検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 手術切除切片の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 75 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000345 |
| 総データ量 | 249 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 中面 哲也
所 属 機 関： 国立がん研究センター 先端医療開発センター 免疫療法開発分野
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 16H06279 |
| 科学研究費助成事業 若手研究 | ナノポアシークエンサーを用いたRNA合成及び分解の新規解析手法の開発 | 19K16108 |
| 科学研究費助成事業 若手研究 | 長鎖シークエンサーによる全長RNA解読が可能にするがんの新規ネオ抗原評価法の開発 | 19K16792 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | |||
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 河野 隆志 | 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 | AYA （Adolescence and Young Adult） 世代がんの個別化予防に資する遺伝要因の同定を目指す研究 | JGAD000345 | 2021/11/29-2025/03/31 | |
| Youping Deng | Department of Complementary and Integrative Medicine, University of Hawai Manoa | アメリカ合衆国 | Identification of driver genes and somatic mutations for lung cancer diagnosis and prognosis | JGAD000345 | 2022/03/04-2025/07/10 |
| 中岡 博史 | 公益財団法人佐々木研究所 腫瘍ゲノム研究部 | 日本 | 肺がん遺伝子解析研究 | JGAD000345 | 2022/08/06-2023/03/31 |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000345 | 2022/12/26-2025/03/31 |
