NBDC Research ID: hum0229.v1

研究内容の概要

目的： 血液中を流れる細胞のシングルセルRNA-seq（scRNA-seq）を行い、老化に関連する細胞や分子の同定を行う

方法： 10X Genomicsシングルセルキットを用いたscRNA-seq

対象： スーパーセンチナリアン（110歳以上）7名、その家族の内2名、ならびに、直接血縁関係のない対照者2名

URL： https://aging-project.riken.jp/research/piero-carninci/

データID	内容	制限	公開日
JGAS000230	NGS（scRNA-seq）	制限公開（Type I）	2020/05/15

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分子データ


対象	スーパーセンチナリアン：7名（total RNA library：7名、TCR library：2名）家族：2名血縁関係のない対照者：2名
規模	scRNA-seq
対象領域（Target Captureの場合）	TCR library：TCR領域
Platform	Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース	total RNA library：末梢血単核球（PBMC）から抽出したRNA TCR library：末梢血CD4+ T Cellから抽出したRNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	total RNA library：Chromium Single Cell 3ʹ v2 Reagent Kits TCR library：Chromium Single Cell 5ʹ Library Kit、Chromium Single Cell V(D)J Enrichment Kits
断片化の方法	酵素反応
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	total RNA library：98 bp TCR library：150 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000324
総データ量	676 GB （fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy、Familial policy および hum0229 policy 誓約書

研究代表者： ピエロ・カルニンチ

所属機関： 理化学研究所生命医科学研究センター

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号

	タイトル	DOI	データID
1	Single-cell transcriptomics reveals expansion of cytotoxic CD4 T cells in supercentenarians.	doi: 10.1073/pnas.1907883116	JGAD000324
2

研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	利用データID	利用期間
Bo Li	Lyda Hill Department of Bioinformatics, UT Southwestern Medical Center		Identify novel age-related biomarkers through T cell repertoire sharing	JGAD000324	2020/08/17-2021/06/20
Elizabeth Anne Gaskell	Broad Institute of MIT and Harvard	アメリカ合衆国	Investigating transcriptomic and epigenomic alterations over human aging	JGAD000324	2022/11/09-2024/08/26
Mohammad Mahdi Karimi	King's College London	イギリス	Functional role of transposable elements in ageing	JGAD000324	2023/07/18-2024/12/31