NBDC Research ID: hum0226.v1
研究内容の概要
目的： アジアにおける胃がんの素因となるライフスタイルと生殖細胞変異の同定
方法： 全エクソームシークエンス解析および全トランスクリプトームシークエンス解析
対象： 胃がん141症例
URL： https://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/日本人の胃がんリスクとなる遺伝的背景と生活習/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000229 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/06/04 |
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分子データ
| 対象 |
胃がん（ICD10：C16）：141症例 腫瘍組織：141検体 非腫瘍組織：141検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 手術摘出切片の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Agilent SureSelect Human All Exon Kit v4 and v5+ LincRNA |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris SS） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000322 |
| 総データ量 | 5 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
胃がん（ICD10：C161）：103症例 腫瘍組織：103検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 手術摘出切片の腫瘍組織から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit |
| 断片化の方法 | 上記キットに準拠 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000323 |
| 総データ量 | 5 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 油谷 浩幸
所 属 機 関： 東京大学先端科学技術研究センター
プロジェクト/研究グループ名： ゲノムサイエンス分野
URL： https://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/ja/research
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（S） | 統合的ゲノム解析によるがん細胞集団進化の解明 | 24221011 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（A） | がんと間質との相互依存性シグナルの包括的理解 | 16H02481 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | ヒト上皮性腫瘍の発生・進展機構の解明と新規治療標的の同定 | JP19cm0106502 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | 液性免疫に焦点を当てた胃癌ゲノミクスの多様性解明と介入法探索 | JP19cm0106551 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | 国際共同研究に資する大規模日本人がんゲノム・オミックス・臨床データ統合解析とゲノム医療推進に向けた知識基盤構築 | JP20ck0106547 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Defined lifestyle and germline factors predispose Asian populations to gastric cancer | doi: 10.1126/sciadv.aav9778 | |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000323 | 2022/12/26-2025/03/31 |
| 牛久 哲男 | 東京大学大学院医学系研究科 人体病理学・病理診断学分野 | 日本 | 上部消化管腫瘍のゲノム・遺伝子解析とその臨床病理学的意義の解明 | JGAD000322, JGAD000323 | 2023/03/18-2028/03/31 |
