NBDC Research ID: hum0216.v4
研究内容の概要
目的： 消化器癌を含む固形癌の免疫状態を明らかにする。また、抗腫瘍免疫応答の解明のため、体細胞遺伝子における変異負荷を調査する。
方法： whole exome sequecing解析
対象：
2015-2016年に肺腺がん摘出手術を実施した17症例（腫瘍組織＋ペア非腫瘍組織）
2017-2019年においてPD-1阻害治療を実施した進行悪性腫瘍患者40症例（腫瘍組織＋ペア非腫瘍組織）
2015-2016年に胃がん手術を実施した23症例（腫瘍組織＋ペア非腫瘍組織）
大腸がん7症例（腫瘍組織＋ペア非腫瘍組織）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000216 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2020/02/07 |
| JGAS000244 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2020/09/25 |
| JGAS000216（データ追加） | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2021/03/29 |
| JGAS000279 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2021/04/13 |
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分子データ
| 対象 |
肺腺がん（ICD10：C349）：17症例 胃がん（ICD10：C16）：23症例 （腫瘍組織、非腫瘍組織のペア） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 肺腺がんおよび胃がんの腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect XT Human All Exon system |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp x 2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID |
JGAD000302（肺腺がん） JGAD000327（胃がん） |
| 総データ量 |
JGAD000302：230 GB （fastq） JGAD000327：742 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
胃がん（ICD10：C16）：26症例 肺がん（ICD10：C34）：9症例 悪性黒色腫（ICD10：C43）：5症例 （腫瘍組織、非腫瘍組織のペア） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 胃がん、肺がんおよび悪性黒色腫の腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 120-150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000344 |
| 総データ量 | 782 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
大腸がん（ICD10：C18.9）：7症例（15検体） （腫瘍組織、非腫瘍組織のペア） （1症例は横行結腸の腫瘍組織、S状結腸の腫瘍組織、および非腫瘍組織） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 大腸がんの腫瘍組織と非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit SureSelect Human All Exon Kit v5 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000385 |
| 総データ量 | 137 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 西川 博嘉
所 属 機 関： 国立がん研究センター 先端医療開発センター 免疫TR分野
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 国立がん研究センター研究開発費 | 先端的がん免疫モニタリング法開発体制に関する研究 | 28-A-7 |
| 国立がん研究センター研究開発費 | がん免疫療法抵抗性を解除する新規治療法の臨床展開に向けた開発研究 | 31-A-7 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | がん細胞および免疫応答解析に基づくがん免疫療法効果予測診断法の確立 | JP16cm0106301 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Blockade of EGFR improves responsiveness to PD1 blockade in EGFR-mutated non-small cell lung cancer | doi: 10.1126/sciimmunol.aav3937 | JGAD000302 |
| 2 | The PD-1 expression balance between effector and regulatory T cells predicts the clinical efficacy of PD-1 blockade therapies | doi: 10.1038/s41590-020-0769-3 | JGAD000344 |
| 3 | Importance of lymph node immune responses in MSI-H/dMMR colorectal cancer | doi: 10.1172/jci.insight.137365 | JGAD000385 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| Youping Deng | Department of Complementary and Integrative Medicine, University of Hawai Manoa | アメリカ合衆国 | Identification of driver genes and somatic mutations for lung cancer diagnosis and prognosis | JGAD000302, JGAD000344 | 2018/10/04-2025/07/10 |
| 河野 隆志 | 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 | AYA （Adolescence and Young Adult） 世代がんの個別化予防に資する遺伝要因の同定を目指す研究 | JGAD000302, JGAD000327, JGAD000385 | 2021/11/29-2025/03/31 | |
| 中岡 博史 | 公益財団法人佐々木研究所 腫瘍ゲノム研究部 | 日本 | 肺がん遺伝子解析研究 | JGAD000302, JGAD000344 | 2022/08/06-2023/03/31 |
| 山本 拓也 | 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所 プレシジョン免疫プロジェクト | 日本 | 新規がん抗原の同定に基づく消化器がんおよび悪性黒色腫（メラノーマ）に対するワクチン開発基盤研究 | JGAD000344 | 2024/11/12-2025/09/01 |
