NBDC Research ID: hum0214.v2
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研究内容の概要
目的： 免疫細胞における遺伝子発現制御と免疫疾患に対する寄与を解明する
方法： 全身性強皮症21症例、antineutrophil cytoplasmic antibody（ANCA）関連血管炎26症例、対照健常者28名の末梢血免疫細胞画分を分取し各画分から抽出したtotal RNAを用いたRNA-seqを実施した。
対象： 全身性強皮症、ANCA関連血管炎、対照健常者
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000220 | NGS（RNA-seq）全身性強皮症 | 制限公開（Type I） | 2020/10/09 |
| JGAS000220 | NGS（RNA-seq）ANCA関連血管炎 | 制限公開（Type I） | 2021/03/05 |
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分子データ
| 対象 |
全身性強皮症（ICD10：M340）：21症例 対照健常者：13名 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 末梢血免疫細胞19画分（Naive_B, SM_B, USM_B, DN_B, Plasmablast, Th1, Th2, Th17, Tfh, Naive_CD4, Mem_CD4, Fr._II_eTreg, Naive_CD8, Mem_CD8, mDC, pDC, CD16p_Mono, CD16n_Mono, NK）より抽出したtotal RNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit |
| 断片化の方法 | SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| マッピング方法 | STAR（hg38） |
| フィルタリング（QC）方法 | アダプター配列及び3’の低クオリティー塩基をトリムした（Phred quality score < 20）。50塩基未満のリード、及び低クオリティーの塩基を多く含むリード（20%を超える塩基で、Phred quality score < 20）を除去した。ユニークマップ率が80%未満、もしくはユニークマップリード数が5.00 x 106未満のサンプルは除去した。同一サブセット内の遺伝子発現の相関係数（Di）を計算した。Diが0.9未満のサンプルは除去した。 |
| 遺伝子数 | 26353 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000309 |
| 総データ量 | 125 MB（各遺伝子にマップされたリードのカウントデータ、txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
ANCA関連血管炎（ICD10：M318）：26症例 対照健常者：28名（上記13名を含む） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 末梢血免疫細胞20画分（Naive_B, SM_B, USM_B, DN_B, Plasmablast, Th1, Th2, Th17, Tfh, Naive_CD4, Mem_CD4, Fr._II_eTreg, Naive_CD8, Mem_CD8, mDC, pDC, CD16p_Mono, CD16n_Mono, NK, Neu）より抽出したtotal RNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit |
| 断片化の方法 | SMART-seq v4 Ultra Low Input RNA Kit |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| マッピング方法 | STAR（hg38） |
| フィルタリング（QC）方法 | アダプター配列及び3’の低クオリティー塩基をトリムした（Phred quality score < 20）。50塩基未満のリード、及び低クオリティーの塩基を多く含むリード（20%を超える塩基で、Phred quality score < 20）を除去した。ユニークマップ率が80%未満、もしくはユニークマップリード数が5.00 x 106未満のサンプルは除去した。同一サブセット内の遺伝子発現の相関係数（Di）を計算した。Diが0.9未満のサンプルは除去した。 |
| 遺伝子数 | 26353 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000310 |
| 総データ量 | 125 MB（各遺伝子にマップされたリードのカウントデータ、txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 藤尾 圭志
所 属 機 関： 東京大学大学院 医学系研究科 アレルギー・リウマチ学
プロジェクト/研究グループ名： 免疫疾患の免疫細胞マルチオミクス解析
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 中外製薬株式会社との共同研究費 | - | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Integrated bulk and single-cell RNA-sequencing identified disease-relevant monocytes and a gene network module underlying systemic sclerosis | doi: 10.1016/j.jaut.2020.102547 |
JGAD000309 |
| 2 | Identifying the most influential gene expression profile in distinguishing ANCA-associated vasculitis from healthy controls | doi: 10.1016/j.jaut.2021.102617 | JGAD000310 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
