NBDC Research ID: hum0207.v1
研究内容の概要
目的： 滑膜線維芽細胞の炎症環境応答と関節リウマチの病態形成に対する寄与を解明する
方法： 関節リウマチおよび変形性関節症（コントロール）患者由来の滑膜線維芽細胞を、関節内のサイトカイン（TNF-α, IL-1β, IL-6/sIL-6R, IL-17A, IL-18, IFN-γ, IFN-α, TGF-β1, 複合炎症をシミュレートした全8種のmixture [8-mix]）で24時間刺激した。また、同一患者より末梢血リンパ球5分画（CD4陽性T細胞、CD8陽性T細胞、B細胞、NK細胞、単球）を分取した。各サンプルを用いて、SNPアレイ・ChIP-seq（H3K27ac・H3K4me1・H3K4me3）・Hi-C・RNA-seq解析を実施した。
対象： 関節リウマチ30症例、変形性関節症30症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| hum0207.v1.RNA.v1 | NGS（RNA-seq）による遺伝子毎のリード数カウント | 非制限公開 | 2020/01/06 |
| hum0207.v1.ChIP.v1 | NGS（ChIP-seq）によるエンリッチ領域ピーク情報 | 非制限公開 | 2020/01/06 |
| hum0207.v1.HiC.v1 | NGS（Hi-C）によるループ情報 | 非制限公開 | 2020/01/06 |
| hum0207.v1.eQTL.v1 | SNPアレイ上の変異に対する遺伝子発現量から算出したeQTL | 非制限公開 | 2020/01/06 |
※リリース情報はこちら
※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。記載例はこちら。
分子データ
| 対象 |
関節リウマチ（ICD10：M05）：30症例 変形性関節症（ICD10：M06）：30症例 1症例あたり末梢血リンパ球 5分画（CD4陽性T細胞, CD8陽性T細胞, B細胞, NK細胞, 単球）と滑膜線維芽細胞 10条件（無刺激, TNF-α, IL-1β, IL-6/sIL-6R, IL-17A, IL-18, IFN-γ, IFN-α, TGF-β1, 8-mix）：計900検体中、quality control条件をパスした856検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 関節リウマチ・変形性関節症患者由来の各細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 125 bp |
| クオリティコントロール方法 | アダプタートリミング cutadapt、クオリティトリミング fastxtoolkit（クオリティスコア < 20の塩基を除去、塩基数 < 50 のリードを除去、クオリティスコア < 20の塩基が20%より多いリードを除去） |
| 重複するリードの除去 | - |
| リアライメントおよびベースクオリティのキャリブレーション | - |
| マッピング方法 | STAR（version 2.5.3） |
| リファレンス配列 | GENCODE v27（GRCh37 version） |
| 平均カバー率（Depth） | - |
| 遺伝子構造・新規の転写産物推定・発現量算出方法 | HTSeq（version 0.6.0） |
| 総リード数 / ユニークにマップされたリード数 | 1000万-3000万 / 1000万-3000万 |
| 対象遺伝子数 | 58,325 |
| NBDC Dataset ID |
（データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください） |
| 総データ量 | 20.5 MB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
関節リウマチ（ICD10：M05）：20症例 変形性関節症（ICD10：M06）：20症例 1症例あたり、末梢血リンパ球 5分画（CD4陽性T細胞, CD8陽性T細胞, B細胞, NK細胞, 単球）と滑膜線維芽細胞 10条件（無刺激, TNF-α, IL-1β, IL-6/sIL-6R, IL-17A, IL-18, IFN-γ, IFN-α, TGF-β1, 8-mix）を用意し、同じ条件のサンプルを疾患群ごとにプール後、3種の抗体（H3K4me1, H3K4me3, H3K27ac）を用いた免疫沈降を実施：計90検体中、quality control条件をパスした83検体 |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 関節リウマチ・変形性関節症患者由来の各細胞に対して免疫沈降実施後抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | CHIP-IT High Sensitivity Kit（Active Motif）、CHIP-IT PBMC Kit（Active Motif） |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris S2） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 50 bp |
| クオリティコントロール方法 | アダプタートリミング cutadapt、クオリティトリミング fastxtoolkit（クオリティスコア < 20の塩基を除去、塩基数 < 50 のリードを除去、クオリティスコア < 20の塩基が20%より多いリードを除去） |
| マッピング方法 | Bowtie2 |
| リファレンス配列 | hg19/GRCh37 |
| 平均カバー率（Depth） | - |
| ピーク検出方法 | MACS 2.0 |
| 総リード数 / ユニークにマップされたリード数 | 2000万-5000万 / - |
| NBDC Dataset ID |
（データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください） |
| 総データ量 | 158.1 MB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
関節リウマチ（ICD10：M05）：7症例 1症例あたり、滑膜線維芽細胞 3条件（無刺激, TNF-α, 8-mix）を用意し、同じ条件のサンプルをプール：計3検体 |
| 規模 | Hi-C |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq series] |
| ライブラリソース | 関節リウマチ患者由来の各細胞から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Nextera Mate Pair Sample Preparation Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris S2） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 150 bp |
| クオリティコントロール方法 | “juicer” software内で実施 |
| マッピング方法 | BWA-mem |
| リファレンス配列 | hg19/GRCh37 |
| 平均カバー率（Depth） | - |
| ループ検出方法 | HiCCUPS |
| 総リード数 / ユニークにマップされたリード数 | 3億7千万- 4億 |
| NBDC Dataset ID |
（データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください） |
| 総データ量 | 1.3 MB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
関節リウマチ（ICD10：M05）：30症例 変形性関節症（ICD10：M06）：30症例 |
| 規模 | genome wide SNPs |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Infinium OmniExpressExome BeadChips] |
| ソース | 関節リウマチ・変形性関節症患者由来の各細胞から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） | IMPUTE2 |
| フィルタリング | SNP call rate > 0.99、HWE < 1 × 10-6、sample call rate > 0.98 |
| マーカー数(QC後) | 595,693 SNVs |
| リファレンス配列 | 1000 Genomes Phase 3 panel |
| eQTL検出方法 | QTLtools、Meta-Tissue software |
| NBDC Dataset ID |
（データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください） |
| 総データ量 | 53.1 MB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 藤尾 圭志
所 属 機 関： 東京大学大学院 医学系研究科 アレルギー・リウマチ学
プロジェクト/研究グループ名：ヒト免疫細胞における遺伝子多型と遺伝子発現の関連解析
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 関節リウマチ滑膜線維芽細胞における炎症メディエーター産生エピゲノム機構の解明 | 18H02846 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | 関節リウマチ検体のトランスクリプトーム解析で同定された新規シグナルの検討 | 17K09972 |
| 共同研究費（武田薬品工業） | 統合疾患データベースの構築とその臨床応用 | - |
| 共同研究費（武田薬品工業） | eQTLを基礎とした創薬標的の探索と治療法の開 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Parsing multiomics landscape of activated synovial fibroblasts highlights drug targets linked to genetic risk of rheumatoid arthritis | doi: 10.1136/annrheumdis-2020-218189 |
hum0207.v1.RNA.v1 hum0207.v1.ChIP.v1 hum0207.v1.HiC.v1 hum0207.v1.eQTL.v1 |
| 2 |
