NBDC Research ID: hum0201.v2
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研究内容の概要
目的： 消化管上皮細胞の、正常組織・炎症組織（消化器炎症性疾患）・腫瘍組織のゲノム解析による形質上の相違の探索
方法：
JGAS000199：腸管上皮細胞の疾患組織（腫瘍・炎症部位）および正常組織から樹立したオルガノイド、末梢血、および、疾患組織から抽出したDNAを用いたWhole Exome sequecing解析
JGAS000237：腫瘍性疾患の腫瘍組織および非腫瘍組織より樹立したオルガノイド細胞および末梢血から抽出したDNA、RNAを用いたWhole Genome sequecing解析、RNA sequecing解析
対象：
JGAS000199：潰瘍性大腸炎29症例、腫瘍を併発する潰瘍性大腸炎26症例、下部消化管内視鏡検査を受けた健常者16名
JGAS000237：腫瘍性疾患23症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000199 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2019/12/20 |
| JGAS000237 | NGS（WGS、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2020/10/06 |
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分子データ
| 対象 |
潰瘍性大腸炎（ICD10：K51）：29症例 （炎症組織のオルガノイド11検体、非炎症組織のオルガノイド14検体、末梢血12検体） 腫瘍を併発する潰瘍性大腸炎（ICD10：K51, C18, C19, C20）：26症例 （腫瘍組織のオルガノイド15検体、炎症組織のオルガノイド14検体、非炎症組織のオルガノイド5検体、末梢血10検体） 下部消化管内視鏡検査を受けた健常者：16名 （末梢血10検体、正常組織のオルガノイド24検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500/4000] |
| ライブラリソース | 疾患組織（腫瘍組織・炎症組織）・正常組織から樹立したオルガノイド、末梢血、および、疾患組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 200 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000284 |
| 総データ量 | 488 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
腫瘍性疾患：23症例（55検体） （腫瘍組織および非腫瘍組織より樹立したオルガノイド細胞および末梢血） 小細胞肺がん（ICD10：C34） 胆道がん（ICD10：C23, C24, C78） 大腸がん（ICD10：C18-20） 十二指腸がん（ICD10：C17） 食道がん（ICD10：C15） 胃がん（ICD10：C16, C78） 肝がん（ICD10：C22） 膵がん（ICD10：C25） |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq X Ten] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織および非腫瘍組織より樹立したオルガノイド細胞および末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | BGIによって作成されたライブラリーを使用 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 300 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000335 |
| 総データ量 | 2.752 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
腫瘍性疾患：23症例（35検体） （腫瘍組織より樹立したオルガノイド細胞） 小細胞肺がん（ICD10：C34） 胆道がん（ICD10：C23, C24, C78） 大腸がん（ICD10：C18-20） 十二指腸がん（ICD10：C17） 食道がん（ICD10：C15） 胃がん（ICD10：C16, C78） 肝がん（ICD10：C22） 膵がん（ICD10：C25） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500、NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織より樹立したオルガノイド細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
TruSeq RNA Library Prep Kit v2 TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 250 bp/150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000336 |
| 総データ量 | 2.752 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 佐藤 俊朗
所 属 機 関： 慶應義塾大学医学部 坂口光洋記念講座（オルガノイド医学）
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 老化メカニズムの解明・制御プロジェクト | 消化器疾患発症制御を目指した加齢形質変化の理解 | JP19gm5010002 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | がん多階層フェノタイプの理解に基づいた先端的創薬システムの開発 | JP19cm0106206 |
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | 新しい4次元モデルシステムを用いた腸管線維化疾患の病態解明 | JP19gm1210001 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（S） | オルガノドライブラリーの構築による消化器疾患形質の統合的理解 | 17H06176 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Somatic inflammatory gene mutations in human ulcerative colitis epithelium | doi: 10.1038/s41586-019-1844-5 | JGAD000284 |
| 2 | An Organoid Biobank of Neuroendocrine Neoplasms Enables Genotype-Phenotype Mapping |
JGAD000335 JGAD000336 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
| Klaus H. Kaestner | Institue for Diabetes, Obesity & Metabolism at Unversity of Pennsylvania | JGAD000284 | 2020/04/13-2021/03/03 |
