NBDC Research ID: hum0187.v1
最新版はこちらです
研究内容の概要
目的： 肝細胞がんゲノムへのウイルスゲノム挿入部位解析
方法： ウイルスキャプチャーシーケンス（NGS)
対象： 肝がん 243症例
URL： https://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/4096
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000194 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2020/05/12 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 |
肝がん（ICD10：C220）：243症例 腫瘍組織：243検体 非腫瘍組織：59検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | Virus integration site（ウイルス配列と、ウイルスのヒト融合配列、および非特異的に生じるウイルス以外のヒト配列を含む） |
| Platform | Illumina [MiSeq] |
| ライブラリソース | 肝がんの手術摘出組織の腫瘍組織および非腫瘍組織（腫瘍組織の周辺組織）から抽出したgDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Agilent SureSelect XT custom kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 約200 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000277 |
| 総データ量 | 640 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 油谷 浩幸
所 属 機 関： 東京大学先端科学技術研究センター
プロジェクト/研究グループ名： ゲノムサイエンス分野
URL： https://www.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/research
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 医療機器開発推進研究事業 | 肝臓癌の術後生存率を高め、医療費低減を可能とする人工知能・質量分析診断支援装置の治験 | 19hk0102049h0002 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | 国際共同研究に資する日本人難治性がん・生活習慣病関連がん大規模統合ゲノミクス解析と国際コンソーシアムでのデータ共有による国際貢献 | 19ck0106265h0003 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 感染症実用化研究事業（肝炎等克服実用化研究事業） 肝炎等克服緊急対策研究事業 | ウイルス性肝疾患を含む代謝関連肝がん発生の病態解明に関する研究 | 19fk0210040h0002 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | がんゲノム解析で残された微小コピー数変化の検出とその意義の解明 | 17K07195 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Impact of AAV2 and Hepatitis B Virus Integration Into Genome on Development of Hepatocellular Carcinoma in Patients with Prior Hepatitis B Virus Infection | doi: 10.1158/1078-0432.CCR-18-4041 | JGAD000277 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
