NBDC Research ID: hum0169.v1
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研究内容の概要
目的： 遺伝子解析により、ヒト由来中枢神経原発悪性リンパ腫の細胞株と、細胞株を樹立する際に用いた中枢神経原発悪性リンパ腫を持つ患者の腫瘍組織を比較する
方法： 全エキソン解析（copy number alteration及びsingle nucleotide variant）
対象： 2種類（YML9、YML11）のヒト由来中枢神経原発悪性リンパ腫細胞株及び中枢神経原発悪性リンパ腫を持つ患者の腫瘍組織ならびに末梢血
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000178 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2019/06/01 |
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分子データ
| 対象 |
中枢神経原発悪性リンパ腫（ICD10：C859）：2症例 YML9：Patient Derived Xenograft（PDX）マウス（第1世代、第2世代）および患者腫瘍組織ならびに末梢血 YML11：PDXマウス（第1世代）および患者腫瘍組織ならびに末梢血 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 細胞株及び腫瘍組織ならびに末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit for Illumina®、SureSelect Human All Exon V6 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 125 bp |
| クオリティコントロール方法 | Quality Value 20未満の塩基をマスク |
| マッピング方法 | bwa-mem、bowtie2 |
| 平均カバー率 | 84%（20X以上） |
| コピー数決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Log-R ratio（calculated with in-house pipline） |
| フィルタリング | Log-R ratio 1.0以上、−1.0以下 |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Mutect2、Varscan2 |
| フィルタリング | リード数20以上、変異率10%以上 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000259 |
| 総データ量 |
101 GB Data ファイル数：7（bam） Analysis ファイル数：10（tab [ref：hg38]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 山本 哲哉
所 属 機 関： 横浜市立大学 脳神経外科
プロジェクト/研究グループ名： Neurosurgical-Oncology lab, Yokohama City University
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
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関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
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