研究内容の概要

目的： 日本人の肝臓がんにおけるゲノム変異を探索する

方法： 肝臓がん切除切片における腫瘍組織および非腫瘍組織または末梢血より抽出したDNAもしくはRNAを使用したNGSライブラリーを作成後、Illumina HiSeqまたは Genome Analyzerにて塩基配列を決定する。

対象： 肝臓がん（肝細胞がん、肝内胆管がん、混合型肝がん）患者の非腫瘍組織および腫瘍組織のDNA・RNA

データID	内容	制限	公開日
JGAS000151	NGS（WGS） NGS（RNA-seq）	制限公開（Type I）	2018/10/22

データID

内容

制限

公開日

JGAS000151

制限公開（Type I）

2018/10/22

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分子データ


対象	肝臓がん：258 症例（肝細胞がん [ICD10：C220]、肝内胆管がん [ICD10：C221]、混合型肝がん [ICD10：C227]）　　腫瘍組織：301 検体　　非腫瘍組織：260 検体（末梢血：257 検体、肝臓：3 検体）
規模	WGS
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2000、Genome Analyzer IIx]
ライブラリソース	肝臓がん切除切片における腫瘍組織および非腫瘍組織または末梢血から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	TruSeq DNA LT Sample Prep Kit、TruSeq Nano DNA Low Throughput Library Prep Kit、Paired-End DNA Sample Prep Kit、TruSeq Nano DNA Library Preparation Kit
断片化の方法	超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000228
総データ量	48 TB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy


対象	肝臓がん：238 症例（肝細胞がん [ICD10：C220]、肝内胆管がん [ICD10：C221]、混合型肝がん [ICD10：C227]）　　腫瘍組織：238 検体　　非腫瘍組織：201 検体
規模	RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2000、Genome Analyzer IIx]
ライブラリソース	肝臓がん切除切片における腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	TruSeq RNA Sample Prep Kit v2 もしくは TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit
断片化の方法	熱処理
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000229
総データ量	3 TB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 中川英刀

所属機関： 理化学研究所生命医科学研究センター

プロジェクト/研究グループ名：-

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
-

	タイトル	DOI	データID
1	Whole-genome mutational landscape and characterization of noncoding and structural mutations in liver cancer.	doi: 10.1038/ng.3547	JGAD000228 JGAD000229
2	Genomic and Transcriptomic Profiling of Combined Hepatocellular and Intrahepatic Cholangiocarcinoma Reveals Distinct Molecular Subtypes.	doi: 10.1016/j.ccell.2019.04.007	JGAD000228 JGAD000229

研究代表者	所属機関	利用データID	利用期間