NBDC Research ID: hum0157.v1
研究内容の概要
目的： がんのクリニカルシークエンスおよび付随研究としての網羅的ゲノム・エピゲノム解析
方法： 腫瘍FFPE検体から抽出したDNA、RNA、および対照コントロールとして同一症例の正常血液から抽出したDNAをNextSeq（Illumina）を用いて配列決定した
対象： 183症例のがん（肺がん53例、肉腫39例、大腸がん24例、子宮がん15例、卵巣がん12例、子宮肉腫8例、下咽頭癌4例、腺様嚢胞がん4例、原発不明がん5例、その他組織型のがん19例）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000164 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2019/08/19 |
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分子データ
| 対象 |
がん：183症例（腫瘍FFPE検体および正常血液検体のペア） 肺がん（ICD10：C34）：53症例 肉腫（ICD10：C40-41）：39症例 大腸がん（ICD10：C17-20）：24症例 子宮がん（ICD10：C54）：15症例 卵巣がん（ICD10：C56）：12症例 子宮肉腫（ICD10：C54）：8症例 下咽頭癌がん（ICD10：C13）：4症例 腺様嚢胞がん（ICD10：C07-08）：4症例 原発不明がん（ICD10：D48）：5症例 その他組織型のがん：19症例 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） |
DNAパネルは464遺伝子 RNAパネルは449遺伝子 |
| Platform | Illumina [NextSeq] |
| ライブラリソース | 腫瘍FFPE検体から抽出したDNA, RNA、および正常血液から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelectXT Custom kit |
| 断片化の方法 | 酵素反応（Kapa Biosystems） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 151 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000242 |
| 総データ量 | 3 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 宮園 浩平
所 属 機 関： 東京大学大学院医学系研究科 分子病理学分野
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 臨床ゲノム情報統合データベース整備事業 | 大規模ゲノム医療体制の確立と知識データベースの構築 | JP18kk0205003 |
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業インキュベートタイプ（AMED-LEAP） | がん治療標的探索プロジェクト | JP18am0001001 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 革新的がん医療実用化研究事業 | 革新的がん遺伝子機能解析法によるプレシジョンメディシンの実現 | JP18ck0106252 |
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | ヒト上皮性腫瘍の発生・進展機構の解明と新規治療標的の同定 | JP18cm0106502 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Comprehensive assay for the molecular profiling of cancer by target enrichment from formalin-fixed paraffin-embedded specimens. | doi: 10.1111/cas.13968 | JGAD000242 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 中岡 博史 | 公益財団法人佐々木研究所 腫瘍ゲノム研究部 | 日本 | 肺がん遺伝子解析研究 | JGAD000242 | 2022/08/06-2023/03/31 |
