NBDC Research ID: hum0157.v1

研究内容の概要

目的： がんのクリニカルシークエンスおよび付随研究としての網羅的ゲノム・エピゲノム解析

方法： 腫瘍FFPE検体から抽出したDNA、RNA、および対照コントロールとして同一症例の正常血液から抽出したDNAをNextSeq（Illumina）を用いて配列決定した

対象： 183症例のがん（肺がん53例、肉腫39例、大腸がん24例、子宮がん15例、卵巣がん12例、子宮肉腫8例、下咽頭癌4例、腺様嚢胞がん4例、原発不明がん5例、その他組織型のがん19例）

データID	内容	制限	公開日
JGAS000164	NGS（Target Capture）	制限公開（Type I）	2019/08/19

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分子データ


対象	がん：183症例（腫瘍FFPE検体および正常血液検体のペア）　　肺がん（ICD10：C34）：53症例　　肉腫（ICD10：C40-41）：39症例　　大腸がん（ICD10：C17-20）：24症例　　子宮がん（ICD10：C54）：15症例　　卵巣がん（ICD10：C56）：12症例　　子宮肉腫（ICD10：C54）：8症例　　下咽頭癌がん（ICD10：C13）：4症例　　腺様嚢胞がん（ICD10：C07-08）：4症例　　原発不明がん（ICD10：D48）：5症例　　その他組織型のがん：19症例
規模	Target Capture
対象領域（Target Captureの場合）	DNAパネルは464遺伝子 RNAパネルは449遺伝子 supplementary table 1参照 http://todaioncopanel.umin.jp/
Platform	Illumina [NextSeq]
ライブラリソース	腫瘍FFPE検体から抽出したDNA, RNA、および正常血液から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	SureSelectXT Custom kit
断片化の方法	酵素反応（Kapa Biosystems）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	151 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000242
総データ量	3 TB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 宮園浩平

所属機関： 東京大学大学院医学系研究科分子病理学分野

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED）臨床ゲノム情報統合データベース整備事業	大規模ゲノム医療体制の確立と知識データベースの構築	JP18kk0205003
日本医療研究開発機構革新的先端研究開発支援事業インキュベートタイプ（AMED-LEAP）	がん治療標的探索プロジェクト	JP18am0001001
日本医療研究開発機構（AMED）革新的がん医療実用化研究事業	革新的がん遺伝子機能解析法によるプレシジョンメディシンの実現	JP18ck0106252
日本医療研究開発機構（AMED）次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE）	ヒト上皮性腫瘍の発生・進展機構の解明と新規治療標的の同定	JP18cm0106502

	タイトル	DOI	データID
1	Comprehensive assay for the molecular profiling of cancer by target enrichment from formalin-fixed paraffin-embedded specimens.	doi: 10.1111/cas.13968	JGAD000242
2	MicroSEC filters sequence errors for formalin-fixed and paraffin-embedded samples	doi: 10.1038/s42003-021-02930-4	JGAD000242

研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	利用データID	利用期間
中岡博史	公益財団法人佐々木研究所腫瘍ゲノム研究部	日本	肺がん遺伝子解析研究	JGAD000242	2022/08/06-2023/03/31