NBDC Research ID: hum0147.v1
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研究内容の概要
目的： 制御性T細胞（Treg）特異的エピゲノムの解析
方法： RNA-seq、ChIP-seq、PBAT-seq、ATAC-seq
対象： 健常人4名（STR1、STR5、STR6、BDR1）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000145 | 制限公開（Type I） | 2020/05/25 |
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分子データ
| 対象 | 健常人：2名（STR1、STR5） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion S5] |
| ライブラリソース |
健常人末梢血下記５分画から抽出したRNA ・Fraction 1：naive Treg ・Fraction 2：effector Treg ・Fraction 3：Foxp3+ effector conventional T cells ・Fraction 5：effector conventional T cells ・Fraction 6：naive T cells |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | KAPA Library Preparation Kit |
| 断片化の方法 | KAPA Frag |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000214 |
| 総データ量 | 1.6 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常人：1名（STR1） |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion S5] |
| ライブラリソース |
健常人末梢血下記５分画から抽出したDNAに対し、抗ヒストン抗体（H3K27ac）を用いて免疫沈降 ・Fraction 1：naive Treg ・Fraction 2：effector Treg ・Fraction 3：Foxp3+ effector conventional T cells ・Fraction 5：effector conventional T cells ・Fraction 6：naive T cells |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | KAPA Library Preparation Kit |
| 断片化の方法 | Branson model1250D |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000214 |
| 総データ量 | 1.6 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常人：4名（STR1、STR5、STR6、BDR1） |
| 規模 | PBAT-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500/NovaSeq 6000] |
| ライブラリソース |
健常人末梢血下記５分画から抽出したDNA ・Fraction 1：naive Treg ・Fraction 2：effector Treg ・Fraction 3：Foxp3+ effector conventional T cells ・Fraction 5：effector conventional T cells ・Fraction 6：naive T cells |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | EZ DNAMethylation-Gold Kit ver.2.1.3, ACCEL-NGS METHYL-SEQ DNA LIBRARY KIT ver3.0 |
| 断片化の方法 | ACCEL-NGS METHYL-SEQ DNA LIBRARY KIT ver3.0 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end and Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100bp, 150bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000214 |
| 総データ量 | 1.6 TB（fastq, tab [ref: GRCh38]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 健常人：2名（STR1、STR5） |
| 規模 | ATAC-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion S5] |
| ライブラリソース |
健常人末梢血下記５分画から抽出したDNA ・Fraction 1：naive Treg ・Fraction 2：effector Treg ・Fraction 3：Foxp3+ effector conventional T cells ・Fraction 5：effector conventional T cells ・Fraction 6：naive T cells |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | KAPA Library Preparation Kit |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000214 |
| 総データ量 | 1.6 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 坂口 志文
所 属 機 関： 大阪大学 免疫学フロンティア研究センター 実験免疫学
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 制御性T細胞の分化に必須な特異的エピゲノム形成機構の解明 | 15H04744 |
| 科学研究費助成事業 特別推進研究 | 制御性T細胞による免疫応答制御の包括的研究 | 16H06295 |
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | 制御性T細胞による慢性炎症制御技術の開発 | 17gm0410016h0006 |
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業インキュベートタイプ（AMED-LEAP） | 制御性T細胞を標的とした免疫応答制御技術に関する研究開発 | 18gm0010005h0001 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Regulatory T Cell-Specific Epigenomic Region Variants Are a Key Determinant of Susceptibility to Common Autoimmune Diseases | doi: 10.1016/j.immuni.2020.04.006 | JGAD000214 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
