NBDC Research ID: hum00145.v1
研究内容の概要
目的： 大腸がんの転移再発を正確に予測するバイオマーカーの同定
方法：以下の組織より抽出したDNAを対象としたTarget capture deep sequencing
（１）術前化学療法前に内視鏡により採取した原発巣組織
（２）術前化学療法後、および、転移再発し切除した場合は凍結した外科的切除標本より採取した腫瘍組織と近隣の正常腸管粘膜組織（非腫瘍組織）
（３）手術時採取した血液
対象： 術前化学療法後に外科的切除を行なった進行大腸癌１０症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000222 | NGS（Target Capture） | 制限公開（Type I） | 2020/04/03 |
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分子データ
| 対象 |
大腸がん（ICD10：C189）：10症例 36検体 ・術前化学療法前に内視鏡を用いて採取した原発巣の腫瘍組織：10症例 10検体 ・術前化学療法後切除切片の腫瘍組織：10症例 10検体 ・術前化学療法後切除切片の非腫瘍組織：10症例 10検体 ・末梢血の血漿：3症例 4検体 ・転移巣切除切片の腫瘍組織：2症例 2検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | ClearSeq Halo HS Cancer Research Panel |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 大腸がんの原発巣（FFPE）、手術切除切片の腫瘍組織と非腫瘍組織、血漿、転移巣切除切片の腫瘍組織から抽出したから抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect/HaloPlex ターゲットエンリッチメントシステム |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000313 |
| 総データ量 | 193 GB （fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 三森 功士
所 属 機 関： 九州大学病院 別府病院 外科
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： https://www.beppu.kyushu-u.ac.jp/gekareview/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 公益財団法人新日本先進医療研究財団 平成29年度助成金（2017） | 網羅的遺伝子異常解析と数理学的シミュレーションにもとづく大腸癌肝転移に対する肝切除前化学療法のprecision medicine構築 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Serial mutational tracking in surgically resected locally advanced colorectal cancer with neoadjuvant chemotherapy. | doi: 10.1038/s41416-018-0208-5 | JGAD000313 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
