NBDC Research ID: hum0138.v1
最新版はこちらです
研究内容の概要
目的： 肝がんの発生母地となる肝硬変再生結節の発がんポテンシャルを明らかにすること
方法： 全エクソン解析および全トランスクリプトーム解析
対象： 肝硬変および肝がん症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000134 | NGS（Exome、RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2020/07/31 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 |
肝硬変（ICD10：K746）：1症例（10検体） 肝がん（ICD10：C220）：4症例（4検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 肝硬変病変部、腫瘍組織、及び非腫瘍組織切片から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon v5 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000203 |
| 総データ量 | 152 GB（bam [ref：GRCh37]、fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 肝硬変（ICD10：K746）：9症例（15検体） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 4000] |
| ライブラリソース | 肝硬変病変部及び非腫瘍組織切片から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq RNA Sample Preparation v2 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000203 |
| 総データ量 | 152 GB（bam [ref：GRCh37]、fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 高井 淳
所 属 機 関： 京都大学大学院 医学研究科 消化器内科学
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | 肝硬変"再生結節"の細胞クローン動態と発癌機構の解明 | 17H04158 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Comprehensive analysis of genetic aberrations linked to tumorigenesis in regenerative nodules of liver cirrhosis. | doi: 10.1007/s00535-019-01555-z | JGAD000203 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
