NBDC Research ID: hum0130.v2

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研究内容の概要

目的: POEMS症候群(polyneuropathy, organomegaly, endocrinopathy, M-Protein, and skin changes syndrome)における形質細胞の遺伝学的特徴を他の形質細胞性疾患と比較する。POEMS症候群患者の骨髄形質細胞におけるシングルセルRNAシークエンスを行い、POEMSクローンの遺伝子発現の特徴を明らかにすることで、本疾患の分子病態解明を行う。

方法: POEMS症候群における形質細胞のゲノム解析および3疾患(POEMS症候群、多発性骨髄腫、単クローン性免疫グロブリン血症 [monoclonal gammopathy of undetermined significance:MGUS])の遺伝子発現解析。患者骨髄からCD138陽性形質細胞をMACSとFACSによって純化し、Fluidigm C1を用いてシングルセルソートとライブラリー作成を行い、Illumina HiSeq 3000にてRNAシークエンスを行った。また、SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、NEBNext Ultra DNALibrary Prep Kitを用いてライブラリーを作成し、Illumina HiSeq 2000にてRNAシークエンスを行った。

対象: POEMS症候群(20+14症例)、多発性骨髄腫(4+5症例)、MGUS(5+2症例)、正常コントロール(骨髄浸潤のない悪性リンパ腫:4症例)の形質細胞

 

データID内容制限公開日
JGAS000150 NGS(ExomeTarget CaptureRNA-seq 制限公開(Type I) 2019/01/18
JGAS000289 NGS(scRNA-seqbulk RNA-seq 制限公開(Type I) 2022/09/27

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分子データ

Exome

対象 POEMS症候群(ICD10:C90.2):15症例
規模 Exome
対象領域(Target Captureの場合) Coding exons
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース POEMS症候群の腫瘍細胞(骨髄形質細胞)と正常細胞(頬粘膜細胞)から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SureSelect Human ALL Exon V5
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 121 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000226
総データ量 171 GB(bam [ref: hg19])
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Target Capture

対象 POEMS症候群(ICD10:C90.2):20症例
規模 Target Capture
対象領域(Target Captureの場合) Coding exons of selected genes
Platform Illumina [MiSeq]
ライブラリソース POEMS症候群の腫瘍細胞(骨髄形質細胞)と正常細胞(頬粘膜細胞)から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) custom designed SureSelect XT2 Kit
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 273 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000226
総データ量 171 GB(bam [ref: hg19])
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RNA-seq

対象

POEMS症候群(ICD10:C90.2):5症例

多発性骨髄腫(ICD10:C90.0):4症例

MGUS(ICD10:D47.2):5症例

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq1500]
ライブラリソース POEMS症候群、多発性骨髄腫、MGUSの腫瘍細胞(骨髄形質細胞)から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、NEBNext Ultra DNALibrary Prep Kit
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 60 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000226
総データ量 171 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

bulk RNA-seq

対象

POEMS症候群(ICD10:C90.2):4症例

多発性骨髄腫(ICD10:C90.0):3症例

正常コントロール(骨髄浸潤のないリンパ腫):2症例

規模 RNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース POEMS症候群、多発性骨髄腫、骨髄浸潤のない悪性リンパ腫の腫瘍細胞(CD138陽性骨髄形質細胞)から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing、NEBNext Ultra DNALibrary Prep Kit
断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 60 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000395
総データ量 12.6 GB(fastq)
コメント(利用にあたっての制限事項) NBDC policy

 

scRNA-seq

対象

POEMS症候群(ICD10:C90.2):11症例(うち1症例はJGAD000226と重複)

多発性骨髄腫(ICD10:C90.0):2症例

MGUS(ICD10:D47.2):2症例

正常コントロール (骨髄浸潤のない悪性リンパ腫):2症例

規模 scRNA-seq
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform Illumina [HiSeq 3000]
ライブラリソース POEMS症候群、多発性骨髄腫、MGUS、骨髄浸潤のない悪性リンパ腫の腫瘍細胞(CD138陽性骨髄形質細胞)から抽出したRNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) Fluidigm C1
断片化の方法 Tagmentation using Nextera XT DNA Sample Preparation kit(Illumina)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 100 bp x 2
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000395
総データ量 350.5 GB(fastq)
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提供者情報

研究代表者: 堺田 恵美子

所 属 機 関: 千葉大学大学院医学研究院・細胞治療内科学(千葉大学病院 血液内科)

プロジェクト/研究グループ名: -

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 骨髄微少環境と形質細胞の相互作用に基づいたPOEMS症候群の発症機構の解明 26461397
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 次世代シークエンサーによるMRD検出法に基づくPOEMS症候群の治療戦略の確立 15K09494
科学研究費助成事業 基盤研究(C) 骨髄形質細胞シングルセル解析によるPOEMS症候群の分子病態の解明 18K08338
科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型)『学術研究支援基盤形成』 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム 16H06279
科学研究費助成事業 基盤研究(S) 造血幹細胞エイジングを規定するエピジェネティック機構の統合的理解 19H05653
科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型) 幹細胞の運命決定に関わるクロマチン複製機構の解明 19H05746
科学研究費助成事業 基盤研究(C) POEMS症候群における微小クローン同定による診断治療戦略の確立 22K08471

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Genetic and transcriptional landscape of plasma cells in POEMS syndrome. doi: 10.1038/s41375-018-0348-x JGAD000226
2 Unraveling unique features of plasma cell clones in POEMS syndrome by single-cell analysis doi: 10.1172/jci.insight.151482 JGAD000395

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
浜田 道昭 早稲田大学 理工学術院 日本 RNA標的創薬データベースの構築 JGAD000226 2022/12/26-2025/03/31