NBDC Research ID: hum0125.v1
研究内容の概要
目的： 自己免疫疾患における免疫担当細胞の解析
方法： RNA-seq
対象： クローン病3症例の病変部および大腸がん4症例の切除切片の中の非腫瘍組織（正常大腸組織）について、分離マーカーの違い（CD14-CD11c- / CD14-CD11c- / CD14+CD11c-CD163low）によって単離した細胞から抽出したRNA
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000127 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2018/11/05 |
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分子データ
| 対象 |
クローン病（ICD10：K50）：3症例 大腸がん：4症例（非腫瘍組織） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Thermo Fisher Scientific [Ion S5] |
| ライブラリソース | クローン病の病変部および大腸がんの切除切片の中の非腫瘍組織（正常大腸組織）について、分離マーカーの違い（CD14-CD11c- / CD14-CD11c- / CD14+CD11c-CD163low）によって単離した細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | KAPA Library Preparation Kit |
| 断片化の方法 | KAPA Frag |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 平均 150 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000138 |
| 総データ量 | 86 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 坂口 志文
所 属 機 関： 大阪大学免疫学フロンティア研究センター 実験免疫学
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 基盤研究（A） | 炎症性腸疾患の病態解析 | 15H02511 |
| 科学研究費助成事業 若手研究（B） | 炎症性腸疾患における抗原提示細胞の異常活性化の機序および機能解析 | 17K16546 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Innate Myeloid Cell Subset-Specific Gene Expression Patterns in the Human Colon are Altered in Crohn’s Disease Patients | doi: 10.1159/000490890 | JGAD000138 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000138 | 2022/12/26-2025/03/31 |
