NBDC Research ID: hum0119.v1
研究内容の概要
目的： 非アルコール性肝疾患（nonalcoholic fatty liver disease：NAFLD）、非アルコール性肝炎（nonalcoholic steatohepatitis：NASH)、NASH由来肝がん（NASH-HCC）関連遺伝因子の探索
方法： SNPアレイによるゲノムスキャン
対象： NAFLD（Matteoni Type 1 and 2）：264症例、NASH（Matteoni Type 3 and 4）：580症例、NASH-HCC：58症例、対照群：7672名
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000126 |
NAFLD264症例および対照7672名のGWAS NASH580症例および対照7672名のGWAS NASH-HCC58症例および対照7672名のGWAS |
制限公開（Type I） | 2019/01/31 |
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分子データ
| 対象 |
NAFLD（ICD10：K76.0）：264症例 NASH（ICD10：K75.81）：580症例 NASH-HCC（ICD10：C220）：58症例 対照者：7672名 |
| 規模 | genome wide SNPs |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
Illumina [Human610-Quad BeadChip] Illumina [HumanCoreExome BeadChip] Illumina [HumanOmni2.5-Quad BeadChip] |
| ソース | 末梢血から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） |
Illumina Human610-Quad BeadChip Kit Illumina HumanCoreExome BeadChip Kit Illumina HumanOmni2.5-Quad BeadChip Kit |
| 遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア） | GenomeStudio（Illumina） |
| フィルタリング |
sample call-rate < 0.95、PCAにより日本人集団から逸脱、近縁（pihat > 0.38） SNP call-rate < 0.99、HWE-p < 1e-6、MAF < 0.01を除外 |
| マーカー数（QC後） | 93,606 SNPs（hg19） |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000137 |
| 総データ量 | 26 MB（xlsx） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 松田 文彦
所 属 機 関： 京都大学大学院医学研究科附属ゲノム医学センター
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 厚生労働科学研究費補助金 肝炎等克服緊急対策研究事業 | 非アルコール性脂肪性肝疾患の病態解明と診断法、治療法の開発に関する研究 | H20-Hepatitis-general-008 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Risk estimation model for nonalcoholic fatty liver disease in the Japanese using multiple genetic markers | doi: 10.1371/journal.pone.0185490 | JGAD000137 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|
| 竹原 徹郎 | 大阪大学大学院医学系研究科 消化器内科学 | 慢性肝疾患の病態進展を予測するバイオマーカーとなる遺伝子多型・変異の探索 | JGAD000137 | 2021/03/16-2022/03/31 |
