NBDC Research ID: hum0116.v1
研究内容の概要
目的： ヒト急性骨髄性白血病関連遺伝子変異の同定
方法： Target Captureシークエンシング（Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel、ならびに、41遺伝子）
対象： 急性骨髄性白血病症例より採取した白血病幹細胞、ならびに、白血病幹細胞を輸注した免疫不全マウスの内、白血病を発症したヒト化マウスから採取したヒト白血病細胞
URL： http://www.riken.jp/research/labs/ims/hum_dis_model/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000122 | 制限公開（Type I） | 2020/11/20 |
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分子データ
Target Capture：AML Cancer Panel
| 対象 |
急性骨髄性白血病（ICD10：C920）：19症例 白血病幹細胞33検体、Pre-白血病幹細胞2検体、T細胞6検体、B細胞2検体（計43検体） 19症例のうち12症例の白血病幹細胞を輸注した免疫不全マウス（ヒト化マウス）の内、白血病を発症したヒト化マウス37匹から採取したヒト白血病細胞37検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | xGen® Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel |
| Platform | Illumina [HiSeq 1500] |
| ライブラリソース |
白血病幹細胞、Pre-白血病幹細胞、T細胞、B細胞から抽出したDNA 白血病幹細胞を輸注した免疫不全マウス（ヒト化マウス）の内、白血病を発症したヒト化マウスから採取したヒト白血病細胞から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
KAPA Hyper Prep kit xGen@ Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 50 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000133 |
| 総データ量 | 423 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
急性骨髄性白血病（ICD10：C920）：106症例 ①急性骨髄性白血病患者の末梢血（白血病細胞）45検体 ②急性骨髄性白血病患者の骨髄液（白血病細胞）19検体 ③急性骨髄性白血病患者の検体（末梢血もしくは骨髄液の白血病細胞）もしくはヒト白血病細胞を移植後に白血病を発症した免疫不全マウスの検体（脾臓もしくは骨髄液から分離したヒト白血病細胞）を免疫不全マウスに移植し、白血病を発症したマウスの脾臓（ヒト白血病細胞）6検体 ④急性骨髄性白血病患者の検体（末梢血もしくは骨髄液の白血病細胞）もしくはヒト白血病細胞を移植後に白血病を発症した免疫不全マウスの検体（脾臓もしくは骨髄液から分離したヒト白血病細胞）を免疫不全マウスに移植し、白血病を発症したマウスの骨髄液（ヒト白血病細胞）36検体 |
| 規模 | Target Capture |
| 対象領域（Target Captureの場合） | 41遺伝子（NRAS, KRAS, FLT3, TP53, NPM1, KIT, IDH1, IDH2, SF3B1, U2AF1, TET2, DNMT3A, ASXL1, ASXL2, BCOR, RUNX1, KMT2A(MLL), WT1(WT-1), GATA2, STAG2, RAD21, SMC1A, SMC3, MPL, NF1, PTPN11, CSF3R, CBL, CEBPA, SRSF2, DHX15, ZRSR2, EZH2, SETBP1, KDM6A, ETV6, CUX1, PHF6, MGA, ZBTB7A, PPM1D）の翻訳領域 |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース |
急性骨髄性白血病患者の末梢血または骨髄液（白血病細胞）から抽出したDNA 急性骨髄性白血病患者の検体（末梢血もしくは骨髄液の白血病細胞）もしくはヒト白血病細胞を移植後に白血病を発症した免疫不全マウスの検体（脾臓もしくは骨髄液から分離したヒト白血病細胞）を免疫不全マウスに移植し、白血病を発症したマウスの脾臓または骨髄液（ヒト白血病細胞）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | multiplex PCR + 2nd PCR |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 151 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000355 |
| 総データ量 | 23 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 石川 文彦
所 属 機 関： 理化学研究所統合生命医科学センター・ヒト疾患モデル研究チーム
プロジェクト/研究グループ名： 白血病再発克服プロジェクト
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Overcoming mutational complexity in acute myeloid leukemia by inhibition of critical pathways | doi: 10.1126/scitranslmed.aao1214 | JGAD000133 |
| 2 | Combined inhibition of XIAP and BCL2 drives maximal therapeutic efficacy in genetically diverse aggressive Acute Myeloid Leukemia | doi: 10.1038/s43018-021-00177-w | JGAD000355 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
