NBDC Research ID: hum0115.v1

研究内容の概要

目的：転写因子などの外来性遺伝子カセットを誘導したトランスクリプトームの解析

方法：RNAシーケンスおよびマイクロアレイ解析

対象：SEES3に外来性遺伝子（主にtranscriptional factor：TF）を導入して樹立したES細胞株（TF-hESC）。

＜RNA-seq＞

437種類のTFを導入した独立株2種（品質解析の結果、遺伝子誘導が十分でない株については1株）を樹立し、TF誘導後もしくは非誘導条件で48時間後（1774株）、および、指定された時間培養した複数点（406株）、計2300検体分のデータ（437遺伝子×2株（一部1株）×2条件以上）。

＜マイクロアレイ解析＞

116種類のTFを導入した独立株2種（品質解析の結果、遺伝子誘導が十分でない株については1株）を樹立し、TF誘導後もしくは非誘導条件で48時間培養した、計448検体分のデータ（116遺伝子×2株（一部1株）×2条件）。

URL： http://systemsmedicine.jp/crest/

データID	内容	制限	公開日
JGAS000121	マイクロアレイ	制限公開（Type I）	2020/05/15
DRA006296	NGS（RNA-seq）	非制限公開	2020/05/15

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分子データ


対象	SEES3にTFを導入して樹立したES細胞株（TF-hESC）：計448検体（116遺伝子×2株（一部1株）×2条件）
規模	マイクロアレイ
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	チップ：Agilent SurePrint G3 Human GE v2 8x60K Microarray（Design ID: 039494）スキャナー：Agilent SureScan G4900DA
ソース	SEES3細胞に116種のTFをそれぞれ導入し、TF誘導後もしくは非誘導条件で48時間培養した細胞から抽出したmRNA
検体情報（購入の場合）	https://www2.brc.riken.jp/lab/cell/detail.cgi?cell_no=HES0008
調整試薬（キット名、バージョン）	Agilent Low Input Quick Amp Labeling Kit, one-color（Agilent Technologies）
フィルタリング	-
マイクロアレイ標準化方法	補正前のIntensityデータを提供
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000132
総データ量	14 GB（txt）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy


対象	SEES3にTFを導入して樹立したES細胞株（TF-hESC）：計2300検体（437遺伝子×2株（一部1株）×2条件以上）
規模	RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース	SEES3細胞に437種のTFをそれぞれ導入し、TF誘導後もしくは非誘導条件で48時間、および、指定された時間培養した細胞から抽出したmRNA
検体情報（購入の場合）	https://www2.brc.riken.jp/lab/cell/detail.cgi?cell_no=HES0008
ライブラリ作製方法（キット名）	SureSelect Strand Specific RNA Library Preparation Kit for Illumina（Agilent Technologies）
断片化の方法	RNA Seq Fragmentation Mixと温度（94℃）によるRNAの断片化
ライブラリ構築方法	Single-end : 2240検体、Paired-end : 60検体
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	Single-end：50 bp、Paired-end：202もしくは302 bp
DDBJ Sequence Read Archive ID	DRA006296
総データ量	2.48 TB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 洪実

所属機関： 慶應義塾大学医学部坂口光洋記念システム医学講座

プロジェクト/研究グループ名：JST CREST：研究領域「生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出」　/　洪グループ「動的遺伝子ネットワークの多次元構造解析による高精度な細胞分化制御技術の開発」

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
CREST／生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出	動的遺伝子ネットワークの多次元構造解析による高精度な細胞分化制御技術の開発	JPMJCR12W4

	タイトル	DOI	データID
1	Generation and Profiling of 2,135 Human ESC Lines for the Systematic Analyses of Cell States Perturbed by Inducing Single Transcription Factors	doi: 10.1016/j.celrep.2020.107655	JGAD000132 DRA006296
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研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	利用データID	利用期間