NBDC Research ID: hum0115.v1
研究内容の概要
目的：転写因子などの外来性遺伝子カセットを誘導したトランスクリプトームの解析
方法：RNAシーケンスおよびマイクロアレイ解析
対象：SEES3に外来性遺伝子（主にtranscriptional factor：TF）を導入して樹立したES細胞株（TF-hESC）。
＜RNA-seq＞
437種類のTFを導入した独立株2種（品質解析の結果、遺伝子誘導が十分でない株については1株）を樹立し、TF誘導後もしくは非誘導条件で48時間後（1774株）、および、指定された時間培養した複数点（406株）、計2300検体分のデータ（437遺伝子×2株（一部1株）×2条件以上）。
＜マイクロアレイ解析＞
116種類のTFを導入した独立株2種（品質解析の結果、遺伝子誘導が十分でない株については1株）を樹立し、TF誘導後もしくは非誘導条件で48時間培養した、計448検体分のデータ（116遺伝子×2株（一部1株）×2条件）。
URL： http://systemsmedicine.jp/crest/
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000121 | マイクロアレイ | 制限公開（Type I） | 2020/05/15 |
| DRA006296 | NGS（RNA-seq） | 非制限公開 | 2020/05/15 |
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分子データ
| 対象 |
SEES3にTFを導入して樹立したES細胞株（TF-hESC）：計448検体 （116遺伝子×2株（一部1株）×2条件） |
| 規模 | マイクロアレイ |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform |
チップ：Agilent SurePrint G3 Human GE v2 8x60K Microarray（Design ID: 039494） スキャナー：Agilent SureScan G4900DA |
| ソース | SEES3細胞に116種のTFをそれぞれ導入し、TF誘導後もしくは非誘導条件で48時間培養した細胞から抽出したmRNA |
| 検体情報（購入の場合） | https://www2.brc.riken.jp/lab/cell/detail.cgi?cell_no=HES0008 |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Agilent Low Input Quick Amp Labeling Kit, one-color（Agilent Technologies） |
| フィルタリング | - |
| マイクロアレイ標準化方法 | 補正前のIntensityデータを提供 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000132 |
| 総データ量 | 14 GB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
SEES3にTFを導入して樹立したES細胞株（TF-hESC）：計2300検体 （437遺伝子×2株（一部1株）×2条件以上） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
| ライブラリソース | SEES3細胞に437種のTFをそれぞれ導入し、TF誘導後もしくは非誘導条件で48時間、および、指定された時間培養した細胞から抽出したmRNA |
| 検体情報（購入の場合） | https://www2.brc.riken.jp/lab/cell/detail.cgi?cell_no=HES0008 |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Strand Specific RNA Library Preparation Kit for Illumina（Agilent Technologies） |
| 断片化の方法 | RNA Seq Fragmentation Mixと温度（94℃） によるRNAの断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end : 2240検体、Paired-end : 60検体 |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | Single-end：50 bp、Paired-end：202もしくは302 bp |
| DDBJ Sequence Read Archive ID | DRA006296 |
| 総データ量 | 2.48 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 洪 実
所 属 機 関： 慶應義塾大学医学部 坂口光洋記念システム医学講座
プロジェクト/研究グループ名：JST CREST：研究領域「生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出」 / 洪グループ「動的遺伝子ネットワークの多次元構造解析による高精度な細胞分化制御技術の開発」
URL：http://www.jst.go.jp/kisoken/crest/project/35/35_04.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| CREST／生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出 | 動的遺伝子ネットワークの多次元構造解析による高精度な細胞分化制御技術の開発 | JPMJCR12W4 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Generation and Profiling of 2,135 Human ESC Lines for the Systematic Analyses of Cell States Perturbed by Inducing Single Transcription Factors | doi: 10.1016/j.celrep.2020.107655 | JGAD000132 DRA006296 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
